当保全证据公证的执法行为被认定违法后，对于已出具的公证书，其处理方式主要依据《公证法》的相关规定来进行。以下是对此问题的详细解答：

首先，需要明确的是，如果公证机构为不真实、不合法的事项出具了公证书，那么这种行为是违法的。根据《公证法》第四十二条第一款第(二)项的规定，对于此类违法行为，公证机构可能会面临警告、罚款、停业整顿等行政处罚，具体裁量幅度为“警告、二万元以上十万元以下罚款，一个月以上三个月以下停业整顿；有违法所得的，没收违法所得”。这些处罚会按照不同违法情节划分为不同的基础裁量阶次。

针对已出具的公证书，在执法行为被认定违法后，其处理方式通常包括以下几种情况：

1. 撤销公证书：

   • 如果公证书所证明的事项被认定为不真实或不合法，且该不真实、不合法性直接源于公证机构的违法行为，那么公证机构应当撤销该公证书。
   • 撤销公证书后，公证机构应通知相关当事人，并收回已出具的公证书原件。

2. 更正公证书：

   • 在某些情况下，如果公证书中的错误或违法内容可以通过更正来纠正，且更正后不影响公证书的整体真实性和合法性，那么公证机构可能会选择更正公证书。
   • 但这种情况相对较少见，因为通常涉及违法行为的公证书更可能面临撤销的命运。

3. 承担法律责任：

   • 除了对公证书本身进行处理外，公证机构还需要承担因其违法行为而给当事人造成的损失的法律责任。
   • 这可能包括赔偿当事人的经济损失、恢复名誉等。

4. 接受行政处罚：

   • 如前所述，公证机构还可能面临警告、罚款、停业整顿等行政处罚。
   • 这些处罚旨在惩罚公证机构的违法行为，并促使其今后严格遵守法律法规。

在实际操作中，如果保全证据公证的执法行为被认定违法，相关当事人或监管机构通常会要求公证机构对已出具的公证书进行审查，并根据审查结果采取相应的处理措施。如果公证书被撤销或更正，公证机构应及时通知相关当事人，并妥善处理后续事宜。

因此，当保全证据公证的执法行为被认定违法后，已出具的公证书可能会面临撤销、更正等处理方式，同时公证机构还需要承担相应的法律责任和接受行政处罚。