是的，三方协议企业需要留一份。以下是对这一问题的详细解释：
一、三方协议的性质与目的
三方协议，即《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位以及学校三方在毕业生就业过程中各自所享有的权益与应尽的义务的书面表现形式。这份协议对于保障毕业生的就业权益、规范用人单位的招聘行为以及学校统计就业情况都具有重要意义。
二、三方协议的签署与保留
签署要求：三方协议需要由毕业生、用人单位及学校三方共同签署确认。这一过程确保了协议的合法性和有效性，也体现了三方在就业过程中的平等地位和共同责任。
保留要求：根据常规做法和法律规定，每一方在签署三方协议后，均需保留一份原件。对于企业而言，保留一份三方协议是必要的，这有助于企业在后续与毕业生的合作中，明确双方的权利和义务，避免产生不必要的纠纷。同时，这也是企业遵守法律法规、规范用工管理的体现。
三、企业保留三方协议的重要性
法律保障：企业保留三方协议，可以在发生纠纷时作为证据使用，维护企业的合法权益。例如，如果毕业生在入职后违反协议约定，企业可以依据协议中的条款进行维权。
规范管理：保留三方协议有助于企业规范用工管理，确保与毕业生的合作符合法律法规和公司政策。这有助于提升企业的管理水平和形象。
统计与备案：企业保留三方协议，还可以作为统计毕业生就业情况的依据，便于企业进行人力资源规划和备案。
四、法律建议
妥善保管：企业应妥善保管三方协议原件，避免丢失或损坏。建议将协议存放在安全、易取的地方，并定期进行备份。
遵守约定：企业应遵守三方协议中的约定，履行自己的义务。如果发生变更或解除协议的情况，应及时与毕业生和学校沟通，并按照法律法规和协议约定进行处理。
及时咨询：如果在保留或履行三方协议过程中遇到任何问题或纠纷，企业应及时咨询专业律师或法律机构，以获取专业的法律建议和帮助。
如有任何关于三方协议或其他法律问题的疑问，欢迎直接向我咨询。我将以专业的知识和丰富的经验，为您提供全面、准确的法律解答。