个人购买车辆挂靠在运输公司，用车辆发票抵税的行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若车辆实际由个人使用，仅挂靠运输公司且发票开具给公司用于抵税，则不合法
   根据《增值税暂行条例》及税法相关规定，增值税专用发票的开具需与真实交易相符。若车辆实际由个人购买、使用，但发票开具给运输公司并用于抵税，属于“虚开发票”行为。这种行为可能涉及偷逃税款，税务机关有权追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款；情节严重的，还可能构成犯罪，需承担刑事责任。

2. 若车辆由运输公司实际购买、使用，个人仅代为办理手续，则发票抵税可能合法
   若运输公司是车辆的实际购买方和使用方，个人仅代为办理购买、挂牌等手续，且发票开具给运输公司并用于抵税，则属于合法行为。但需确保交易真实、发票内容与实际交易一致，且运输公司具备合法的抵税资质（如为一般纳税人）。

建议与风险提示：

• 挂靠经营本身存在法律风险，如车辆管理、责任承担等问题，需谨慎选择。
  
• 发票抵税必须基于真实交易，严禁虚开、代开发票等违法行为。
  
• 若对税务处理存在疑问，建议及时咨询税务机关或专业律师，避免因操作不当引发法律风险。
  

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