公司因早上迟到扣工资的问题，需要分情况讨论，以下是一些关键的法律背景和建议：
公司规章制度需合法合理：
- 公司有权根据内部规章制度对员工进行管理，包括对迟到行为的处罚。但规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示。如果规章制度未经合法程序制定或公示，或者处罚措施过于严苛（如迟到一次扣全天工资），则可能被视为违法。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
扣工资需符合法律规定：
- 即使公司规章制度合法，扣工资也需符合《工资支付暂行规定》等相关法律法规。一般来说，公司不能因迟到一次就扣除员工全天或大部分工资。合理的处罚可能是扣除部分工资（如迟到几分钟扣几元至几十元不等），但具体数额需根据规章制度和实际情况确定。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
建议与应对措施：
- 核实规章制度：首先，员工应核实公司的规章制度是否合法、合理，并确认自己是否确实违反了相关规定。
- 与公司沟通：如果认为公司的处罚措施不合理，可以与公司进行沟通，表达自己的观点和诉求。
- 寻求法律援助：如果沟通无果，且认为公司的行为侵犯了自己的合法权益，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结与建议：公司因早上迟到扣工资需遵循合法、合理的原则。如果公司的规章制度或处罚措施存在问题，员工有权提出异议并寻求法律援助。作为劳动者，了解自己的权益并学会维护是非常重要的。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。