公司全员降薪，包括“三期”（孕期、产期、哺乳期）员工在内，一般情况下是不合法的，但在特定情况下可能合法。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下不合法
“三期”员工的特殊保护：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》第五条以及《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或者与其解除劳动合同。这是基于“三期”女职工在生理上可能面临的特殊困难，为保障她们的基本生活和权益而设立的特殊保护规定。
全员降薪的合法性：
- 全员降薪，包括“三期”员工在内，通常意味着用人单位未经员工同意，单方面变更了劳动合同中的薪酬条款。根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括薪酬，且应当采用书面形式。若未经协商一致，单方面降薪则构成违法。
二、特定情况下可能合法
与员工协商一致：
- 如果公司因经营困难、市场环境变化等合理原因需要降薪，且能与全体员工（包括“三期”员工）进行协商，并达成一致意见，签订书面协议，那么降薪行为可能是合法的。但这种情况较为罕见，因为“三期”员工享有特殊的法律保护。
依据法定程序调整薪酬结构：
- 公司可遵循法定程序对薪酬结构进行合理调整，如提高基本工资占比、降低绩效工资占比等，但总体工资水平应保持不变，且需经过职工代表大会讨论和工会协商确定。然而，这种调整通常不适用于“三期”员工，因为她们的工资水平受到特殊保护。
特定法定情形下的单方面调整：
- 在极少数情况下，如“三期”员工因严重违反公司规章制度或不能胜任工作被调岗至低薪岗位，公司可能根据实际情况对其薪酬进行合理调整。但这种情况必须严格符合法定程序和条件，且调整后的薪酬不得低于当地最低工资标准。
三、违法降薪的法律后果
- 如果公司违法对“三期”员工进行降薪，将侵害她们的合法权益。员工有权通过多种途径维权，如与用人单位协商恢复原工资待遇；协商不成可向劳动争议仲裁机构申请仲裁，要求补足工资差额并支付经济补偿等。
四、建议与风险提示
对于公司：
- 在考虑降薪前，应充分评估法律风险和员工反应，尤其是“三期”员工的特殊保护需求。
- 如果确实需要降薪，应与员工进行充分沟通并达成一致意见，或确保降薪行为符合法定情形和程序。
对于“三期”员工：
- 如果遇到公司违法降薪的情况，应及时与公司沟通并保留相关证据。
- 如果沟通无果，可以向劳动争议仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
总之，公司全员降薪包括“三期”员工在内，一般情况下是不合法的。如果公司确实需要降薪，应严格遵守法律法规和程序要求，确保降薪行为的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。