公司签订劳动合同是与员工本人协商，而非与部门领导协商。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律主体与合同关系

1. 法律主体明确：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。这里的“劳动者”指的是具体的员工个人，而“用人单位”则是与员工建立劳动关系的公司或组织。因此，从法律主体上看，劳动合同的签订双方是员工本人和公司，而非部门领导。

2. 合同关系独立性：劳动合同具有相对独立性，它只约束签订合同的双方，即员工和公司。部门领导作为公司的一员，虽然可能在日常工作中对员工进行管理和指导，但并不具备与员工签订劳动合同的法律资格。

二、协商过程与内容

1. 协商对象：在签订劳动合同时，公司应当与员工本人进行协商，就工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等关键条款达成一致。部门领导可能参与协商过程，提供意见或建议，但最终的协商结果和合同内容应由员工和公司共同确定。

2. 协商内容合法性：协商过程中，双方应确保合同内容符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。例如，合同中的劳动报酬条款应不低于当地最低工资标准，工作时间条款应符合法定工作时间限制等。这些内容的协商和确定，同样需要员工本人的参与和同意。

三、实际操作与注意事项

1. 实际操作流程：在实际操作中，公司通常会制定标准的劳动合同模板，然后与员工进行个别协商，根据员工的实际情况和需求对模板进行修改和完善。这个过程中，部门领导可能会提供一定的协助或指导，但最终的合同签订仍需员工本人和公司代表（如人力资源部门工作人员）共同完成。

2. 注意事项：

   • 确保员工知情权：公司在与员工签订劳动合同时，应确保员工充分了解合同内容，包括各项条款的含义和可能产生的法律后果。
   • 避免部门领导越权：部门领导在协商过程中应明确自己的角色和权限，避免越权代表公司签订合同或做出其他法律行为。
   • 保留协商证据：为了证明协商过程的合法性和有效性，公司和员工可以保留相关的协商记录、邮件往来等证据材料。

四、法律后果与责任

如果公司未经员工本人同意，擅自与部门领导协商签订劳动合同，或者合同内容违反法律法规的规定，那么公司可能面临法律责任。例如，员工可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认合同无效或要求公司承担违约责任等。

总结与建议：

公司签订劳动合同是与员工本人协商的过程，部门领导虽然可能参与协商但并非合同签订的主体。为了确保劳动合同的合法性和有效性，公司和员工应共同遵守相关法律法规的规定，明确各自的权益和义务。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。