针对您提出的“合同约定结算后两年支付质保金，但工程已经停工两年，如何支付工程款（特别是质保金部分）”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，质保金的支付通常与工程的完成情况和质量保证期限紧密相关。在您所描述的情况下，工程因甲方原因停工两年，这确实是一个特殊且需要细致处理的情境。
一、质保金支付的基本原则
质保金是工程合同中常见的一种条款，旨在确保工程在质保期内出现质量问题时，承包方能够承担相应的维修责任。根据合同约定，质保金通常在工程结算后的一定时间内（如您所述的两年）支付。然而，当工程因甲方原因停工，且停工时间超过了合同中约定的质保金期限时，这一原则的应用就需要结合实际情况进行调整。
二、停工对质保金支付的影响
合同条款的审查：
- 首先，您需要仔细审查合同条款，特别是关于质保金支付、工程停工以及违约责任等方面的规定。
- 如果合同中明确规定了因甲方原因导致工程停工且超过质保金期限时，甲方应返还质保金，那么您就有明确的合同依据来要求甲方返还。
法律依据的参考：
- 根据《最高人民法院有关建设工程质量保证金裁判观点12条》的相关规定，如果案涉工程因发包人（甲方）未依约对承包人报送的工程资料进行签证、未及时支付进度款等违约行为而停工，且停工期限超出约定的质保金期限的，发包人应当返还质量保证金。
- 这一规定为您提供了法律上的支持，表明在甲方违约导致工程停工且超过质保金期限的情况下，您有权要求甲方返还质保金。
三、支付工程款的建议
与甲方沟通：
- 在采取任何法律行动之前，建议您首先与甲方进行沟通，明确表达您的诉求和依据。
- 通过沟通，您可能能够达成一个双方都能接受的解决方案，从而避免不必要的法律纠纷。
寻求法律帮助：
- 如果沟通无果，或者甲方拒绝返还质保金，您可以考虑寻求法律帮助。
- 咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的维权途径。
- 根据律师的建议，您可以考虑提起民事诉讼，要求甲方返还质保金并支付相应的工程款。
注意证据收集：
- 在整个过程中，您需要注意收集并保存相关证据，如合同、停工通知、沟通记录等。
- 这些证据将在后续的法律纠纷中起到关键作用，有助于您证明自己的诉求和依据。
综上所述，当工程因甲方原因停工两年且超过合同中约定的质保金期限时，您有权要求甲方返还质保金并支付相应的工程款。建议您首先与甲方进行沟通，并根据合同条款和法律规定寻求合法的解决方案。如果沟通无果，您可以考虑寻求法律帮助并提起民事诉讼。