针对您提出的“合同已履行，如何办理政府采购”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确“政府采购合同已经履行”的标准。根据财政部国库司的回复内容，以及政府采购的常规操作，签订政府采购合同是履行合同的前提条件。在政府采购项目中，中标通知书发出后，采购人应当先按照采购文件确定的事项与中标人签订政府采购合同。之后，再根据合同的约定依法履行合同义务。实践中，通常以支付货款作为合同履行的标准。这意味着，仅仅提供部分货物并通过验收，并不等同于合同已经完全履行，除非这些货物对应的货款已经支付。

接下来，针对您“合同已履行”的情况，若您指的是合同中的所有义务（包括货物提供、验收、货款支付等）均已完成，那么办理政府采购的后续流程将主要涉及以下几个方面：

1. 合同归档与备案：

   • 将已履行的政府采购合同进行归档，确保所有相关文件（如中标通知书、合同文本、验收报告、货款支付凭证等）齐全。
   • 根据当地政府采购管理部门的要求，进行合同备案。这通常涉及将合同信息录入政府采购管理系统，以便监管部门进行后续的监督和管理。

2. 项目结算与审计：

   • 如果项目涉及多个阶段或多次付款，确保所有阶段的结算工作已完成，且所有款项均已支付到位。
   • 根据需要，配合审计部门进行项目审计，提供必要的文件和资料，确保审计工作的顺利进行。

3. 绩效评价与反馈：

   • 参与政府采购项目的绩效评价工作，提供项目执行情况的反馈。这有助于采购人了解项目的实际效果，为未来的采购活动提供参考。
   • 根据绩效评价结果，对采购过程中存在的问题进行总结和分析，提出改进建议。

4. 后续采购准备：

   • 如果未来有类似的采购需求，可以根据本次采购的经验，提前进行市场调研和供应商筛选。
   • 准备新的采购文件，包括采购需求书、招标文件等，确保后续采购活动的顺利进行。

最后，需要强调的是，政府采购活动必须严格遵守相关法律法规和程序要求。在合同履行过程中，应确保所有操作合法合规，避免出现违规行为。同时，积极与采购人、监管部门等沟通协作，共同推动政府采购活动的顺利进行。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。