当员工违反与公司的协议时，处理方式需根据协议的具体内容、违约的性质以及相关法律法规来综合判断。以下是一些详细且具有深度的处理建议：

一、查看协议约定

首先，应仔细审查员工与公司签订的协议，特别是关于违约责任的部分。协议中通常会明确约定在何种情况下构成违约，以及违约后应承担的责任，如支付违约金、赔偿损失等。若员工的违约行为符合协议中约定的情形，公司可依据协议条款追究其责任。

二、区分违约类型与法律责任

1. 劳动合同违约：

   • 若员工违反的是劳动合同中的条款，如未提前通知离职、违反服务期约定或竞业限制约定等，公司可根据《劳动合同法》的相关规定，要求员工支付违约金或赔偿损失。
   • 特别注意，仅在员工违反服务期约定或竞业限制约定时，公司可要求支付违约金，且违约金的数额有法定限制。

2. 保密协议违约：

   • 若员工违反的是保密协议，公司可依据《民法典》和《反不正当竞争法》的相关规定，追究员工的民事责任，包括支付违约金和赔偿损失。
   • 若泄露的信息涉及国家秘密或构成不正当竞争的商业秘密，公司还可向相关行政部门举报，追究员工的行政责任。
   • 在严重情况下，如员工侵犯商业秘密且给公司造成重大损失，还可能面临刑事责任。

三、协商解决

在发现员工违约后，公司可先尝试与员工进行友好协商，要求其纠正违约行为并赔偿公司损失。通过协商解决问题，可以避免法律纠纷，维护双方的关系，同时也可能为公司节省时间和成本。

四、法律途径

若协商无果，公司可考虑通过法律途径来维护自身权益：

1. 申请劳动仲裁：对于劳动合同违约，公司可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求员工承担违约责任。

2. 提起民事诉讼：对于保密协议违约或其他类型的协议违约，公司可向人民法院提起诉讼，要求员工支付违约金、赔偿损失等。

3. 收集保存证据：在申请仲裁或提起诉讼前，公司应注意收集和保存相关证据，如协议文本、员工违约行为的证据、公司损失的证据等，以支持自身的主张。

五、加强预防与管理

除了处理具体的违约事件外，公司还应加强预防和管理：

1. 完善协议条款：在签订协议时，应明确约定违约责任和赔偿方式，以减少违约事件的发生和降低处理成本。

2. 加强员工培训：定期对员工进行协议内容和相关法律法规的培训，提高员工的法律意识和合规意识。

3. 建立监督机制：建立有效的监督机制，及时发现和纠正员工的违约行为。

综上所述，当员工违反协议时，公司应根据协议的具体内容、违约的性质以及相关法律法规来综合判断处理方式。通过查看协议约定、区分违约类型与法律责任、协商解决、法律途径以及加强预防与管理等措施，公司可以有效地维护自身权益并降低违约风险。