企业与种植户发生纠纷时，通常应寻求乡级人民政府或者县级以上人民政府的协助处理。以下是对此问题的详细分析：

一、纠纷处理部门

1. 乡级人民政府：对于个人之间、个人与单位之间的土地纠纷，乡级人民政府是处理此类纠纷的重要部门。它们负责处理与土地相关的纠纷问题，并有权进行调解和作出处理决定。

2. 县级以上人民政府：当纠纷涉及单位之间，或者乡级人民政府无法处理时，县级以上人民政府将介入处理。这些政府部门具有更高的权威性和处理能力，能够更有效地解决复杂的土地纠纷。

二、法律依据

根据《土地管理法》的相关规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。这一规定为企业与种植户之间的土地纠纷提供了明确的法律依据，即当双方无法通过协商达成一致时，可以向当地人民政府提交申请，请求其介入处理。

三、处理流程

1. 协商解决：在发生纠纷时，双方应首先尝试通过协商解决问题。这有助于减少冲突和成本，并可能达成双方都能接受的解决方案。

2. 申请调解：如果协商无果，可以向当地人民政府土地管理部门申请调解。调解是土地纠纷解决的一个重要环节，有助于双方当事人在平等、公正的基础上达成和解。

3. 政府处理：如果调解仍无法解决问题，单位之间的争议将由县级以上人民政府处理；而个人之间、个人与单位之间的争议，则由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。政府将根据事实和法律作出处理决定。

4. 法律诉讼：当事人对处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院提起诉讼。这提供了进一步的法律救济途径，确保当事人的合法权益得到保护。

四、建议与注意事项

1. 保留证据：在发生纠纷时，双方应尽可能保留相关证据，如合同、协议、照片、视频等。这些证据将有助于政府或法院更准确地了解事实情况，并作出公正的处理决定。

2. 遵守法律程序：在处理纠纷过程中，双方应遵守法律程序，不得采取暴力、威胁等非法手段。否则，将可能面临法律责任。

3. 寻求专业帮助：如果纠纷复杂或涉及金额较大，建议双方寻求专业律师的帮助。律师将能够提供更专业的法律意见和协助，确保当事人的合法权益得到最大程度的保护。

企业与种植户在发生纠纷时，应首先尝试通过协商解决问题。如果协商无果，可以向当地人民政府提交申请，请求其介入处理。在处理过程中，双方应遵守法律程序，保留相关证据，并考虑寻求专业律师的帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。