结论前置：在民事判决中自然人承担还款责任后新设有限公司的，执行自然人财产需分情况处理，具体如下：

1. 若公司财产与自然人财产混同
   根据《公司法》第二十条，若自然人作为股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害债权人利益（如个人财产与公司财产混同、资金随意调拨、业务混同），债权人可申请“刺破公司面纱”，直接执行自然人名下财产。
   关键证据：需提供公司账目与个人账目混同的证据（如银行流水显示公司资金转入个人账户未用于公司经营）、公司决策由个人直接控制等。

2. 若公司财产独立，仅执行自然人财产
   若公司设立后财产独立，与自然人财产无混同，则执行程序仍应针对自然人名下财产（如房产、车辆、存款等）。此时，法院可通过查封、扣押、拍卖等方式执行自然人财产，但不得涉及公司财产。
   例外情形：若自然人将个人财产无偿转让至公司名下以逃避执行，债权人可依据《民法典》第五百三十八条行使撤销权，要求撤销该转让行为，恢复自然人名下财产。

3. 若自然人以公司财产担保债务
   若自然人在债务形成后，以公司财产为自身债务提供担保（如抵押、质押），且担保程序合法（如经公司股东会决议），则债权人可就担保财产优先受偿。但若担保未经公司合法程序（如未履行内部决议），可能因损害公司利益或其他股东权益而被认定无效。

实务建议：

• 申请执行时，应同时提供自然人财产线索（如房产、车辆信息）及公司财产混同的初步证据（如资金往来记录）；
  
• 若发现自然人转移财产至公司，可立即向法院申请财产保全，并同步提起股东损害债权人利益责任纠纷之诉；
  
• 定期查询自然人名下财产变动情况，防止其通过离婚、赠与等方式进一步转移财产。

提示：执行程序涉及财产线索调查、证据收集及法律程序适用，建议根据具体案情制定执行策略。如有进一步问题，可直接向我咨询。