结论：签订了的补偿协议款项与被执行的款项明显少几十万，并不直接构成威胁撤回强制执行的合法理由，但可能涉及协议履行问题或执行异议的提出。
分析：
协议履行问题：
- 首先，需要确认补偿协议的具体内容，包括双方约定的款项金额、支付方式、支付时间等。如果被执行的款项确实少于协议约定的金额，这可能构成协议履行上的违约。
- 在此情况下，受损方（通常是收款方）有权要求违约方（通常是付款方）按照协议约定履行支付义务，或者通过法律途径追究违约方的违约责任，如要求支付剩余款项、违约金或赔偿损失等。
执行异议的提出：
- 如果认为执行行为存在错误或不当，如执行金额与协议不符，执行申请人或被执行人可以向执行法院提出执行异议。
- 执行异议是法律赋予当事人的一种救济途径，用于纠正执行过程中的错误或不当行为。提出执行异议时，需要提供充分的证据证明执行行为存在错误或不当。
威胁撤回强制执行的合法性：
- 威胁撤回强制执行本身并不是一种合法的解决纠纷的方式。如果一方试图通过威胁来迫使另一方接受不利的条件或放弃合法的权利，这可能构成胁迫或不当影响，从而影响协议的效力或执行。
- 在法律上，任何纠纷的解决都应当遵循合法、公正、公平的原则，通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径进行。
建议：
- 如果您发现被执行的款项少于补偿协议约定的金额，首先应当与对方进行沟通，确认是否存在误解或错误。
- 如果沟通无果，您可以考虑向执行法院提出执行异议，要求纠正执行行为或确认执行金额。
- 同时，您也可以咨询专业律师，了解您的法律权利和义务，以及如何通过法律途径维护您的合法权益。
法律后果：
- 如果对方确实存在违约行为，且您通过合法途径追究了对方的违约责任，对方可能需要承担支付剩余款项、违约金或赔偿损失等法律后果。
- 如果您试图通过威胁来迫使对方接受不利的条件或放弃合法的权利，这可能构成违法行为，您可能需要承担相应的法律责任。