当员工债权（这里假设为员工对公司的债权，如工资、奖金等未支付款项）的诉讼时效已经过了，确实会给债权人带来一定的困扰，因为此时债权人虽然实体权利仍然存在，但已经丧失了通过诉讼程序强制债务人（即公司）履行义务的权利，也就是胜诉权。不过，别担心，还是有几种方法可以尝试来维护您的权益：

一、与债务人协商达成还款协议

您可以尝试与公司进行协商，看是否能够达成一个还款协议。根据法律规定，这样的协议是受到法律保护的。如果公司之后不履行这个协议，您仍然有权起诉要求其履行。这是最直接也相对容易操作的一种方式。

二、让债务人出具书面还款承诺或确认债权文件

如果公司不愿意直接达成还款协议，您可以要求公司出具书面的还款承诺或者确认债权的文件。这样的文件可以视为对原债务的重新确认，根据法律规定，诉讼时效会因此重新计算。这相当于给了您一个新的“时间窗口”来维护自己的权益。

三、接受债务人自愿履行的债务

如果公司自愿履行债务，哪怕诉讼时效已经过了，您也有权接受。而且，一旦公司履行了债务，它就不能再以不知道时效已经过了为由要求返还。这是法律对债权人的一种保护。

四、留存好相关证据

在整个过程中，无论您采取哪种方式，都一定要留存好相关的证据。比如协商的记录、还款协议、书面还款承诺、确认债权的文件等。这些证据在将来可能需要的法律程序中会起到至关重要的作用。

五、考虑非诉讼方式

除了诉讼之外，您还可以考虑通过非诉讼的方式来解决问题，比如协商、调解等。有时候，通过这些方式可能能够更快速、更经济地解决问题。

六、审查诉讼时效中止、中断的法定事由

虽然诉讼时效已经过了，但您还可以审查一下是否存在诉讼时效中止、中断的法定事由。比如不可抗力、您向公司提出履行请求等。如果存在这些事由，诉讼时效可能会依法延续或重新起算。

七、后续维权路径的选择

如果重新计算诉讼时效后，公司再次违约，您需要选择合适的维权路径。这可能包括再次提起诉讼、申请强制执行等。在这个过程中，您可能需要寻求专业法律人士的帮助。

八、处理协商中的特殊情况

在与公司协商还款协议的过程中，可能会遇到一些特殊情况，比如公司提出不合理的条件。这时，您需要保持冷静，理性分析，并可以考虑寻求第三方（如律师、调解机构等）的帮助来妥善处理。

总的来说，虽然债权过诉讼时效会给债权人带来一定的困扰，但并不意味着您的权益就完全无法维护了。通过上述方法，您仍然有可能实现自己的债权。不过，在操作过程中，一定要谨慎行事，留存好相关证据，并在必要时寻求专业法律人士的帮助。