工程合同协议书中的专用合同条款和通用合同条款均可以修改，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下是对此问题的详细分析：
一、修改的法律依据与原则
合同意思自治原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，享有自愿订立、修改合同的权利。这意味着，只要双方协商一致，就可以对工程合同的专用条款和通用条款进行修改。
合法性与明确性要求：
- 修改后的合同内容必须合法、明确且具体。不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益或他人的合法权益。同时，修改后的条款应与合同的专用条款保持一致，以避免后续执行过程中的纠纷。
二、修改的具体方式与程序
协商一致：
- 任何对工程合同条款的修改都需经过合同双方的一致同意。这要求双方就修改的内容、范围及生效时间等进行充分沟通，并达成共同意见。未经对方同意的单方面修改是无效的。
签订补充协议：
- 推荐采用签订补充协议的方式来修改工程合同的条款。补充协议应详细列明修改的条款内容、修改原因及新条款的生效时间等关键信息，并与原合同具有同等法律效力。
书面形式：
- 若原工程合同是以书面形式订立的，那么对其的任何修改也应以书面形式进行。这是为了确保修改内容的明确性和法律可追溯性。
三、修改时的特殊限制与考量
强制标准不可违：
- 涉及工程建设的强制性标准、质量安全等内容，即使双方协商一致，也不能违反相关法律法规和强制性标准的规定。这是确保建筑工程质量和安全的重要法律保障。
格式条款的特殊考量：
- 如果工程合同的通用条款或专用条款是由一方提供的格式条款，那么在修改时，除了遵循一般的协商程序外，还需特别注意不得不合理地免除或减轻提供方的责任、加重对方责任，或限制对方主要权利。否则，该条款将视为无效。对于格式条款的理解若存在争议，应按照通常理解进行解释，且在对格式条款有两种以上解释时，应作出不利于提供格式条款一方的解释。
四、修改后的合法性与效力保障
- 修改后的工程合同内容必须合法、明确且具体，同时与合同的专用条款保持一致。为确保修改的法律效力，双方应在修改后的合同上签字或盖章确认。
五、实际操作建议
- 在修改工程合同条款的过程中，若遇到任何争议或不确定之处，建议及时咨询专业律师。我可以提供必要的协助和指导，确保修改过程的顺利进行，以及修改后合同的合法有效。
总结来看，工程合同协议书中的专用合同条款和通用合同条款均可以修改，但必须遵循法律法规、确保内容合法明确，并与合同的专用条款相一致。在修改过程中，双方应协商一致，并采用书面形式签订补充协议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。