工程变更在符合一定条件下是可以改变合同专用条款的，但这一变更需遵循严格的规则和程序。以下是对此问题的详细分析：
一、工程变更与合同专用条款的关系
合同性质决定可修改性：
- 工程施工合同是发包方（建设单位）和承包方（施工单位）为完成商定的建筑安装工程，明确相互权利、义务关系的协议。专用条款作为施工合同的重要组成部分，是根据工程实际情况对通用条款的具体化、补充或修改。因此，在工程发生变更时，专用条款也有可能随之调整，以反映新的工程实际情况和双方的需求。
法律法规允许修改：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，当事人协商一致，可以变更合同内容。这意味着，只要发包方和承包方就工程变更导致的专用条款修改达成一致意见，且修改内容不违反法律法规的强制性规定，修改就是有效的。
二、工程变更改变合同专用条款的程序和要求
协商一致原则：
- 专用条款的修改必须经发包方和承包方协商一致，并签订书面协议。任何一方不得单方面修改专用条款，否则修改无效。在工程变更的情况下，双方应就变更内容、影响范围、费用调整等关键问题进行充分沟通，并达成共识。
书面形式要求：
- 修改后的专用条款应以书面形式呈现，并由双方签字盖章确认。书面形式有助于明确双方的权利和义务，避免后续产生纠纷。在工程变更导致专用条款修改时，双方应确保修改内容以书面形式明确记录，并作为合同的一部分进行保存。
备案和公示要求：
- 根据相关规定，修改后的专用条款可能需要向相关部门备案或公示。这有助于确保修改的合法性和有效性，并接受社会监督。在工程变更导致专用条款修改时，双方应了解并遵守相关备案和公示要求，以确保修改的合规性。
三、工程变更改变合同专用条款的注意事项
确保修改内容的合法性：
- 修改后的专用条款不得违反法律法规的强制性规定，否则修改无效。例如，不得通过修改专用条款来规避法定的质量保修责任等。在工程变更导致专用条款修改时，双方应确保修改内容符合法律法规的要求，避免因违法修改而导致的法律风险。
注意修改内容的合理性：
- 修改后的专用条款应合理反映工程的实际情况和双方的需求。避免因修改不当而导致合同履行困难或产生不必要的纠纷。在工程变更导致专用条款修改时，双方应充分考虑变更对工程进度、质量、成本等方面的影响，并据此调整专用条款的内容。
及时办理相关手续：
- 修改专用条款后，应及时办理相关的备案、公示等手续。确保修改的合法性和有效性得到认可。在工程变更导致专用条款修改时，双方应了解并遵守相关手续的要求，确保修改的及时性和有效性。
总结与建议：工程变更在符合一定条件下是可以改变合同专用条款的，但这一变更需遵循严格的规则和程序。在实际操作中，建议双方在工程变更发生时及时沟通协商，就变更内容、影响范围、费用调整等关键问题达成共识，并签订书面协议进行确认。同时，双方还应了解并遵守相关法律法规和备案公示要求，以确保修改的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。