已仲裁但未执行的工伤案件，原则上适用最高法九月一日生效的司法解释二，但具体适用情况需结合案件实际进展与司法解释的具体条款来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、司法解释的时间效力

1. 一般原则：司法解释通常自公布之日起施行，对施行后发生的案件具有法律效力。对于已仲裁但未执行的工伤案件，如果仲裁裁决是在司法解释二生效前作出的，但执行阶段在司法解释二生效后，那么执行阶段的相关法律适用问题，就需要考虑司法解释二的规定。

2. 例外情况：如果司法解释二有特别规定，明确其不适用于生效前已作出的仲裁裁决，或者对已仲裁但未执行的案件有特别的处理方式，那么就需要遵循这些特别规定。但从目前的法律实践来看，司法解释通常是对法律适用问题的进一步明确和细化，不太可能完全排除对之前案件的适用，除非有明确的排除性条款。

二、工伤案件的特殊性

1. 工伤认定与赔偿：工伤案件涉及工伤认定、伤残等级鉴定以及赔偿标准的确定等多个环节。这些环节的法律适用，往往受到工伤保险条例等相关法律法规的调整。司法解释二如果对这些环节的法律适用问题作出了新的规定，那么已仲裁但未执行的工伤案件在执行阶段，就需要考虑这些新规定。

2. 仲裁裁决的效力：仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。如果仲裁裁决是在司法解释二生效前作出的，且裁决内容符合当时的法律规定，那么即使司法解释二生效后，裁决的效力也不应受到影响。但是，如果裁决内容在司法解释二生效后被发现存在法律适用错误或不符合新规定的情况，那么执行阶段就可能需要对此进行纠正。

三、实际操作建议

1. 审查仲裁裁决：对于已仲裁但未执行的工伤案件，建议首先审查仲裁裁决的内容，看其是否符合司法解释二的规定。如果裁决内容在司法解释二生效后被发现存在问题，可以及时向法院提出执行异议或申请再审。

2. 咨询专业律师：由于法律适用问题具有复杂性，建议当事人在处理此类案件时咨询专业律师的意见。律师可以根据案件的具体情况和司法解释的规定，为当事人提供准确的法律建议和操作方案。

3. 关注司法动态：司法解释的出台往往伴随着法律适用问题的变化。因此，建议当事人关注司法动态，及时了解司法解释的最新内容和对案件的影响。

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