结论：服务员在不知情的情况下将顾客的鞋子盒子扔掉，是否需要赔偿，取决于多个因素，包括服务员的行为是否构成过错、顾客是否因此遭受了损失，以及该损失与服务员行为之间的因果关系等。以下从不同角度进行分析。
一、过错责任原则
过错认定：
- 在本案例中，服务员不知道盒子内有鞋子，以为是空的而将其扔掉。从主观上看，服务员并无故意或重大过失，因为其是基于对盒子内容的错误判断而采取的行动。
- 然而，过错不仅包括故意，也包括过失。过失是指行为人应当预见自己的行为可能发生危害结果，因为疏忽大意而没有预见，或者虽然已经预见但轻信能够避免的心理态度。在此情况下，服务员是否尽到了合理的注意义务，是判断其是否存在过失的关键。
责任承担：
- 如果服务员的行为被认定为存在过失，且该过失与顾客的损失之间存在因果关系，那么服务员或其雇主（如店铺）可能需要承担相应的赔偿责任。
- 赔偿的范围通常限于顾客因盒子被扔掉而遭受的实际损失，如鞋子的价值等。
二、顾客损失与因果关系
损失认定：
- 顾客需要证明其因盒子被扔掉而遭受了损失，如鞋子丢失或损坏等。
- 损失的价值应当是合理的，且能够通过证据（如购买发票、照片等）进行证明。
因果关系：
- 顾客需要证明其损失与服务员的行为之间存在直接的因果关系。即，如果服务员没有扔掉盒子，顾客的损失就不会发生。
- 如果存在其他介入因素（如顾客自己忘记取走盒子、盒子本身存在质量问题等），则可能削弱或中断这种因果关系。
三、实际处理建议
协商解决：
- 在发生此类纠纷时，首先建议双方进行协商，尝试达成和解。
- 协商时，可以明确各自的责任和义务，以及赔偿的方式和金额等。
法律途径：
- 如果协商无果，顾客可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
- 可以向法院提起诉讼，要求服务员或其雇主承担赔偿责任。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明自己的损失和与服务员的因果关系。
预防措施：
- 对于店铺来说，可以加强员工培训，提高员工对顾客财物的注意义务和保护意识。
- 可以制定明确的规章制度，规范员工的行为和处理流程，以减少类似纠纷的发生。
总结与建议：服务员在不知情的情况下将顾客的鞋子盒子扔掉，是否需要赔偿取决于多个因素。在实际处理中，建议双方首先进行协商解决；如果协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的权益。同时，店铺也可以加强员工培训和制定规章制度等预防措施，以减少类似纠纷的发生。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。