结论：逾期后重新办理银行卡并存入资金，是否会被扣款取决于多个因素，包括贷款合同中的条款、银行或贷款机构的具体操作以及法律程序等。以下是对这一问题的详细分析。

一、贷款合同条款的影响

1. 自动扣款条款：

   • 如果在贷款合同中明确约定了自动扣款条款，即当借款人逾期未还款时，银行或贷款机构有权从借款人指定的银行账户中自动扣款以偿还逾期债务，那么在这种情况下，重新办理银行卡并存入资金后，银行或贷款机构可能会根据合同条款进行扣款。

2. 无自动扣款条款：

   • 如果贷款合同中没有约定自动扣款条款，或者约定了但银行或贷款机构未按照合同条款执行，那么重新办理银行卡并存入资金后，银行或贷款机构通常不会直接扣款。但需要注意的是，这并不意味着借款人可以逃避还款责任，银行或贷款机构仍可能通过法律途径追讨逾期债务。

二、银行或贷款机构的具体操作

1. 主动扣款：

   • 即使贷款合同中没有明确约定自动扣款条款，银行或贷款机构在特定情况下（如借款人长期逾期未还款、银行或贷款机构认为有必要采取强制措施等）也可能主动扣款。但这种情况相对较少见，且需要符合相关法律法规的规定。

2. 协商还款：

   • 在逾期后，借款人可以与银行或贷款机构协商还款计划。如果双方达成一致并签订了新的还款协议，那么银行或贷款机构可能会根据新的协议进行扣款。在这种情况下，重新办理银行卡并存入资金后，银行或贷款机构可能会按照新的协议进行扣款。

三、法律程序的影响

1. 诉讼与执行：

   • 如果银行或贷款机构通过法律途径追讨逾期债务，并获得了法院的判决或裁定，那么借款人需要按照判决或裁定的要求履行还款义务。在这种情况下，如果借款人重新办理了银行卡并存入了资金，法院可能会根据执行程序的要求对银行卡内的资金进行冻结或划扣。

2. 信用记录影响：

   • 逾期还款会对借款人的信用记录产生负面影响。即使重新办理了银行卡并存入了资金，如果之前的逾期记录未得到妥善处理，借款人的信用记录仍可能受到损害。这可能会影响借款人未来申请贷款、信用卡等金融产品的能力。

四、建议与措施

1. 查看贷款合同：

   • 借款人应仔细查看贷款合同中的条款，特别是关于还款、逾期处理以及自动扣款等方面的约定。这有助于借款人了解自己的权利和义务，以及银行或贷款机构可能采取的措施。

2. 与银行或贷款机构沟通：

   • 如果借款人担心重新办理银行卡后资金会被扣款，可以与银行或贷款机构进行沟通。了解他们的具体操作和政策，以及是否可以协商制定新的还款计划。

3. 及时还款：

   • 最有效的避免扣款的方法是及时还款。借款人应按照贷款合同中的约定履行还款义务，避免逾期产生的不良后果。

4. 咨询专业律师：

   • 如果借款人对贷款合同、银行或贷款机构的操作以及法律程序等方面存在疑问或担忧，可以咨询专业律师。律师可以提供专业的法律意见和建议，帮助借款人维护自己的合法权益。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会尽我所能为您解答。

综上所述，逾期后重新办理银行卡并存入资金是否会被扣款取决于多个因素。借款人应仔细查看贷款合同、与银行或贷款机构沟通、及时还款，并在必要时咨询专业律师以维护自己的合法权益。