针对村干部违法将林地更改为土地协议的行为，可向自然资源主管部门或林业主管部门申请撤销该协议。具体分析如下：

1. 明确违法行为的性质
   根据《森林法》及《土地管理法》，林地用途变更需经省级以上人民政府林业主管部门批准，并办理土地用途变更登记。若村干部未经法定程序擅自更改林地性质，属于违法行为，相关协议自始无效。

2. 确定撤销申请的受理部门

   • 自然资源主管部门：负责土地用途管制和规划，可对违法变更土地性质的行为进行查处并撤销违规协议。
     
   • 林业主管部门：若涉及林地保护，可依据《森林法》对非法占用林地行为进行处罚，并要求恢复原状。
     
   • 农业农村部门：若涉及农村土地承包经营权变更，可协同处理违规协议。

3. 申请撤销的具体流程

   • 收集证据：包括林地权属证明、原土地用途文件、村干部违法操作的证据（如会议记录、协议文本等）。
     
   • 提交书面申请：向上述部门提交《撤销违法变更土地用途协议申请书》，附证据材料。
     
   • 行政复议或诉讼：若部门未及时处理，可向政府申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼，要求确认协议无效。

4. 法律责任与救济途径

   • 村干部可能面临行政处分（如警告、撤职）或刑事责任（如非法占用农用地罪）。
     
   • 村民可通过集体诉讼主张权益，要求赔偿损失并恢复林地原状。

建议：立即向当地自然资源局或林业局提交书面申请，并同步准备行政复议或诉讼材料。如有需要，可进一步提供具体证据，我将协助制定完整维权方案。