商户给员工签合作协议是否合法，需结合具体情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法情形
协议内容合法且双方自愿：
- 若合作协议的内容符合法律规定，且双方基于真实意思表示自愿签订，通常是合法的。例如，协议清晰界定双方权利义务，合作事项明确合理，不存在欺诈、胁迫等情形，不违反法律法规强制性规定和公序良俗，这样的合作协议具有法律效力。
- 举例：商户与员工约定，员工以合作的方式参与商户的某个项目，双方在权利义务、收益分配等方面有明确的约定，且该约定不违反法律强制性规定，那么这份合作协议就是合法有效的。
签订程序合法：
- 除了协议内容合法外，签订程序也需合法。例如，协议应经过双方的协商一致，有书面的协议文本，并按照商户的内部规定进行了审批等。如果签订程序存在瑕疵，也可能会影响协议的合法性。
二、不合法情形
规避法定责任：
- 若合作协议名为合作，但实质是通过不合理条款规避商户作为用人单位应承担的法定责任，如缴纳社保、支付劳动报酬等义务，损害员工合法权益，此类协议可能被认定无效。
- 举例：商户与员工签订合作协议，约定员工不享受社保待遇，且工资低于当地最低工资标准，这样的协议就可能因规避法定责任而被认定无效。
合作事项违法：
- 若协议约定的合作事项本身违法，如涉及非法经营等，协议自然不具有合法性。
- 举例：商户与员工签订合作协议，约定共同从事走私活动，这样的协议就因合作事项违法而无效。
三、法律建议
审查协议内容：
- 在签订合作协议前，员工应仔细审查协议内容，确保协议不违反法律法规强制性规定，不损害自身合法权益。
咨询专业律师：
- 若对协议内容有疑问或不确定，建议咨询专业律师，以获取更准确的法律意见。不过，作为曹柱律师，我也可以为您提供专业的法律咨询，您可以直接向我提问。
保留证据：
- 在签订和履行合作协议过程中，员工应保留好相关证据，如协议文本、沟通记录等，以备不时之需。
总结来说，商户给员工签合作协议是否合法，需综合考虑协议的内容、签订程序以及是否符合法律法规的规定等因素。若您正遇到相关法律难题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。