跟员工签合作协议是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合作协议与劳动合同的区分
合作协议：通常指的是双方基于平等、自愿的原则，就某一具体项目或业务进行合作而签订的协议。合作协议中，双方的地位相对平等，共同投入资源、共享收益、共担风险。
劳动合同：则是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同中，劳动者提供劳动力，用人单位支付工资，双方存在管理与被管理的关系。
关键点：如果与员工签订的协议实质上符合劳动合同的特征，即存在管理与被管理的关系，员工提供劳动力，公司支付工资等，那么即使协议名称是“合作协议”，也可能被认定为劳动合同。
二、合法性的判断标准
协议内容：合作协议的内容应明确双方的权利和义务，包括合作方式、收益分配、风险承担等。如果协议内容违反法律法规的强制性规定，如约定不支付劳动报酬、不缴纳社会保险等，则协议无效。
实际履行情况：判断合作协议是否合法，还需考虑协议的实际履行情况。如果双方在实际履行中，员工接受公司的管理，按照公司的要求工作，公司支付工资等，那么即使协议名称是合作协议，也可能被认定为存在劳动关系，此时公司需承担相应的法律责任。
员工身份：如果员工本身具备劳动者身份，与公司之间存在事实上的劳动关系，那么即使签订的是合作协议，也不能改变劳动关系的本质。此时，公司需按照劳动法律法规的规定，与员工签订劳动合同，缴纳社会保险等。
三、法律后果
如果合作协议被认定为劳动合同：公司需按照劳动法律法规的规定，与员工签订书面劳动合同，缴纳社会保险，支付加班费等。如果公司未履行这些义务，员工有权要求公司承担相应的法律责任，如支付双倍工资、补缴社会保险等。
如果合作协议被认定为无效：因协议内容违反法律法规的强制性规定而无效的，公司需承担因无效协议而产生的法律责任，如返还员工已投入的资源、赔偿员工因协议无效而遭受的损失等。
四、建议
明确协议性质：在签订协议前，公司应明确协议的性质，是合作协议还是劳动合同。如果希望与员工建立合作关系，而非劳动关系，应在协议中明确双方的权利和义务，避免存在管理与被管理的关系。
遵守法律法规：无论签订何种协议，公司都应遵守法律法规的强制性规定，如支付劳动报酬、缴纳社会保险等。这是公司应尽的法律义务，也是维护员工权益的重要保障。
咨询专业律师：如果公司对协议的性质或内容存在疑问，建议咨询专业律师。律师可以根据公司的具体情况和法律法规的规定，为公司提供专业的法律意见和建议。
总结：跟员工签合作协议是否合法，需根据协议的内容、实际履行情况以及员工身份等因素综合判断。公司在签订协议前，应明确协议性质，遵守法律法规，并在必要时咨询专业律师。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。