在运输合同纠纷中，挂靠公司是否需要承担责任，取决于多种因素。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、合同相对性原则下的责任承担

1. 合同直接方：根据合同相对性原则，运输合同通常是托运人与实际承运人之间签订的。若挂靠公司并非合同的直接一方当事人，按照合同相对性，原则上不应直接承担责任。
2. 合同明确约定：然而，如果运输合同中明确约定挂靠公司需对合同履行等承担一定责任，如补充赔偿责任，那么在发生纠纷时，托运人可依据合同约定追究挂靠公司的责任。

二、挂靠关系下的责任承担

1. 表见代理：当实际承运人以挂靠公司的名义与托运人签订运输合同，且托运人有合理理由相信实际承运人有挂靠公司的授权（如持有相关业务介绍信、盖有公章的空白合同等），则构成表见代理。此时，挂靠公司需对实际承运人的合同行为承担责任。
2. 连带责任：在某些法律法规中，明确规定在某些特定情况下挂靠公司与实际承运人需承担连带责任。例如，对于套牌机动车发生交通事故造成的损害，若属于该机动车一方责任，且被套牌机动车所有人或管理人同意套牌的，则需与套牌机动车的所有人或管理人承担连带责任。这一规定在运输合同纠纷中同样具有参考价值，特别是在涉及类似情形的责任判定时。此外，如果挂靠公司允许无资质的实际承运人以其名义从事运输经营，对于因此产生的违约等责任，挂靠公司也可能因其过错而需承担相应责任。
3. 被挂靠单位为合同当事人：如果运输合同是直接与被挂靠单位（即挂靠公司）签订的，即被挂靠单位是合同的相对方，而实际运输由挂靠人执行，那么发生纠纷时，托运人可以要求被挂靠单位承担法律责任。

三、实际操作中的考虑因素

1. 挂靠公司与挂靠人之间的约定：挂靠公司与挂靠人之间的具体约定，如责任分担方式等，可能影响挂靠公司是否承担责任及承担责任的范围。但需要注意的是，这种内部约定仅对双方有效，不能对抗第三人。
2. 监管程度：挂靠公司对挂靠人行为的监管程度也是判断其是否承担责任的重要因素。如果挂靠公司对挂靠人的经营活动监管不力，导致货物损失等后果，挂靠公司可能需承担一定的责任。
3. 利益获取：挂靠公司是否从挂靠行为中获得了利益，也是判断其是否承担责任的一个方面。如果挂靠公司从挂靠行为中获取了经济利益（如管理费、挂靠费等），那么在发生纠纷时，挂靠公司可能需承担与其获取利益相应的责任。
4. 过错程度：挂靠公司是否存在过错，如允许无资质的实际承运人以其名义从事运输经营等，也是判断其是否承担责任的关键因素。如果挂靠公司存在过错，那么在发生纠纷时，挂靠公司可能需承担与其过错相应的责任。

四、法律依据

• 《民法典》第八百二十五条规定了托运人的如实申报义务及相应的赔偿责任，虽然直接涉及的是托运人与承运人之间的责任，但体现了运输合同中责任承担的基本原则。同时，《民法典》第一千二百一十一条也明确规定，以挂靠形式从事道路运输经营活动的机动车，发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，由挂靠人和被挂靠人承担连带责任。这一规定为运输合同纠纷中的责任判定提供了重要参考。
• 《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第三条明确规定，套牌机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任，当事人请求由套牌机动车的所有人或者管理人承担赔偿责任的，人民法院应予支持；被套牌机动车所有人或者管理人同意套牌的，应当与套牌机动车的所有人或者管理人承担连带责任。这一规定同样适用于运输合同纠纷中涉及套牌车辆等类似情形的责任判定。

总结来看，运输合同纠纷中能否追究挂靠公司的责任取决于多种因素，包括合同的签订情况、挂靠公司在合同中的角色、相关法律法规的规定以及实际操作中的具体情况。在具体案件中，应根据这些因素进行综合分析，以确定挂靠公司是否应承担相应的法律责任。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。