您好，关于质保金是否在每次的工程款里扣除的问题，这主要取决于发包人与承包人之间的合同约定以及实际操作中的惯例。
质保金的扣留方式主要有两种：
逐次扣留：这种方式下，发包人在支付工程进度款时，会按照合同约定的比例逐次扣留质保金。这是实践中发包人最经常采用的质保金扣留方式，因为它可以确保质保金随着工程进度的推进而逐步积累，从而在工程竣工后形成一笔足够的资金用于可能的维修工作。
一次性扣留：与逐次扣留不同，这种方式下发包人会在工程竣工结算时一次性扣留全部质保金。这种方式相对简单，但可能对承包人的资金流造成较大影响，尤其是在工程规模较大、质保金数额较高的情况下。
在合同双方未有另行约定的情况下，原则上适用逐次扣留的方式。然而，如果承包人已经按照合同约定提交了履约保证金，那么逐次扣留质保金的方式可能会与相关规定发生冲突，因为规定中明确指出，在竣工前已缴纳履约保证金的情况下，不得同时预留工程质保金。
从合法性和实践操作的角度考虑，发包人今后应尽量采用在工程竣工结算时一次性扣留质保金的方式，或者采用在工程竣工验收合格后要求承包人提交质量保函的方式。这样既可以确保质保金的充足性，又可以避免与履约保证金的重复扣留问题。
此外，关于质保金的比例，最新的政策已经将建筑领域工程质量保证金的预留比例上限由5%降至3%，以切实减轻建筑业企业的负担。这一调整不会影响工程质量维修责任的履行，反而有助于减少建筑业企业的资金占压，提高其资金流动性。
综上所述，质保金是否在每次的工程款里扣除，取决于合同双方的约定以及实际操作中的选择。在无特别约定的情况下，逐次扣留是常见做法，但发包人也应考虑采用一次性扣留或质量保函等更灵活的方式。