法院发现公司非法注销后，通常会采取以下处理措施：

1. 撤销注销登记，恢复公司主体资格
   若公司通过伪造文件、虚假清算报告等手段非法完成注销登记，法院可依据《公司法》及相关司法解释，向市场监管部门发出司法建议，要求撤销该注销登记。恢复公司主体资格后，公司需继续承担未了结的债务或法律责任，例如未清偿的债务可能重新进入执行程序。

2. 追究相关责任人的法律责任

   • 民事责任：若公司非法注销导致债权人利益受损，法院可判决股东、董事或实际控制人在未缴出资范围内承担赔偿责任。例如，股东未履行清算义务即注销公司，需对债务承担连带清偿责任。
     
   • 行政责任：市场监管部门可能对提供虚假材料注销公司的责任人处以罚款、限制市场准入等处罚。
     
   • 刑事责任：若非法注销行为涉及伪造公文、隐匿财产等犯罪情节（如《刑法》第162条规定的妨害清算罪），法院会将案件移送公安机关立案侦查，责任人可能面临有期徒刑或罚金。

3. 强制执行公司财产或责任人财产
   即使公司已注销，若法院发现其存在未清算财产（如隐匿的资产、未分配的剩余财产），可依法查封、拍卖该财产用于清偿债务。若财产已被转移至股东或关联方名下，法院可能通过“撤销权之诉”追回财产，或直接执行责任人的个人财产。

典型案例参考：
某公司欠债后，股东伪造清算报告注销公司。法院审理后，判决撤销注销登记，恢复公司主体资格，并责令股东在未缴出资范围内对债务承担连带责任。同时，市场监管部门对股东处以罚款，公安机关对涉嫌妨害清算罪的股东立案侦查。

建议：
若您遇到公司非法注销导致权益受损的情况，可向法院提起民事诉讼要求赔偿，并向市场监管部门举报违法行为。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律程序。