若公司因非法经营被查处后注销，处理方式需分情况讨论：

1. 注销前已被立案调查

   • 若公司在注销前已被市场监管、公安等部门立案调查非法经营行为，注销行为不影响案件追责。根据《公司法》及相关司法解释，公司注销后，其股东、实际控制人可能被列为责任主体，需继续承担行政处罚（如罚款）或刑事责任（如非法经营罪）。
     
   • 关键证据：行政机关或司法机关会调取公司工商档案、财务记录、合同等材料，锁定责任人。若股东存在抽逃出资、虚假清算等行为，可能被追加为被执行人。
     

2. 注销后被发现非法经营

   • 若公司注销后，监管部门通过审计、举报等途径发现其存续期间存在非法经营行为，仍可追溯责任。根据《刑法》第225条，非法经营罪的追诉期为5年（情节特别严重的为10年），即使公司已注销，责任人（如直接负责的主管人员、实际控制人）仍可能被刑事立案。
     
   • 行政责任：市场监管部门可依据《公司登记管理条例》对注销程序中的违法行为（如虚假清算报告）进行处罚，罚款上限为10万元，并可对责任人个人处以罚款。
     

3. 合法注销但存续期间有非法经营

   • 若公司注销程序合法（如完成清算、公告债权人），但存续期间存在非法经营行为，责任主体转移至股东或实际控制人。例如，若股东通过非法经营获取利益，可能被要求退还违法所得，并承担连带赔偿责任。
     
   • 民事赔偿：若非法经营行为导致第三方损失（如消费者、合作伙伴），受害人可依据《民法典》第1168条起诉股东或实际控制人，要求赔偿损失。
     

建议行动步骤：

• 立即自查：若公司涉及非法经营，注销前需全面梳理业务合规性，保留完整财务、合同等证据。
  
• 主动配合调查：若已被立案，切勿通过注销逃避责任，应积极配合调查，争取从轻处理（如行政处罚减免）。
  
• 法律风险隔离：若需注销，建议通过合法清算程序，明确债务承担主体，避免股东个人承担无限责任。
  

核心原则：公司注销不等于“免责金牌”，非法经营行为的法律责任可能穿透至股东、实际控制人。具体处理需结合案件情节、证据充分性及责任主体认定，建议提供详细案情进一步分析。