当事人三年以后是否可以申请司法鉴定，并非一概而论，而是取决于具体的案件类型、司法鉴定的目的以及相关的法律规定。在符合法定条件和有正当理由的情况下，即使案件已经经过三年，当事人仍然有可能申请并获得司法鉴定。以下从不同案件类型进行详细分析：

一、民事诉讼中的司法鉴定

1. 一般情况

   • 可以申请：在民事诉讼中，如果当事人存在新的证据或对原有鉴定结论有异议，并且有合理的理由和依据，即使案件已经过了一段时间（包括三年），仍可以申请重新鉴定。例如，在医疗纠纷案件中，患者三年后发现新症状并怀疑与之前的医疗行为有关，且有初步证据支持，此时可以申请司法鉴定。
   • 受举证期限和诉讼时效限制：通常情况下，当事人应在举证期限内提出鉴定申请。民事诉讼的一般诉讼时效为三年（根据《民法典》的规定），超过时效后，虽然理论上仍可以申请司法鉴定，但对方可能以诉讼时效已过为由抗辩，法院也可能因此不支持当事人的主张。

2. 特殊情况

   • 涉及身份关系的案件：对于亲子关系等身份关系的鉴定，可能不受时间限制或限制相对宽松，因为这类鉴定对当事人的人身和财产权利有重大影响。法院为了查明事实真相，可能会允许进行司法鉴定。

二、刑事诉讼中的司法鉴定

• 可以申请：在刑事诉讼中，如果发现新的证据或对原有鉴定意见存在合理怀疑，且该鉴定对案件的定罪量刑具有重要意义，当事人或其辩护人、诉讼代理人可以申请司法鉴定。例如，三年后发现新物证需要通过鉴定来确定其与案件的关联性和证明力。
• 受司法程序和证据规则限制：刑事诉讼有严格的司法程序和证据规则。案件终审后，要启动重新鉴定程序较为困难，需符合再审条件，如原鉴定意见存在明显错误或有新证据足以推翻原鉴定结论。

三、行政诉讼中的司法鉴定

• 可以申请：在行政诉讼中，如果当事人认为行政机关的具体行政行为所依据的鉴定结论不合法或不准确，且有新的事实和理由，即使时间已经过去三年，也可以申请重新鉴定。例如，行政处罚案件中，当事人对鉴定报告有异议，并发现了新证据能够证明其错误。
• 受起诉期限等限制：行政诉讼有起诉期限的规定，超过期限的起诉可能不被受理。但在诉讼过程中，只要符合法定条件，申请重新鉴定一般不受三年时间的绝对限制。

法律建议

1. 及时咨询：如果当事人需要在三年后申请司法鉴定，应先咨询专业法律人士或司法鉴定机构，了解具体规定和限制。
2. 准备充分：在申请司法鉴定时，当事人应准备充分的证据和理由，以支持其申请。
3. 及时申请：在存在特殊情况或正当理由时，当事人应及时向法院提出申请并说明理由，争取法院的理解和支持。

司法鉴定意见书一旦出具，通常是永久有效的，但其申请受到案件类型、举证期限等因素的限制。因此，在符合法定条件和有正当理由的情况下，当事人仍有可能获得司法鉴定。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。