针对“查出申请的回复能不能否提起行政诉讼”这一问题，结论如下：

1. 若申请回复属于具体行政行为且侵犯合法权益，则可以提起行政诉讼：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二条，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。这里的“行政行为”包括具体行政行为，如行政许可、行政处罚、行政强制等。若申请回复是对特定事项作出的具体处理决定，且该决定直接影响了申请人的权益，那么申请人有权就该回复提起行政诉讼。
   • 实例说明：例如，申请人向某行政机关申请某项许可，行政机关作出不予许可的回复，且该回复缺乏合法依据或程序违法，申请人认为其合法权益受到侵犯，即可就该回复提起行政诉讼。

2. 若申请回复不属于具体行政行为或未侵犯合法权益，则不能提起行政诉讼：

   • 非具体行政行为：若申请回复仅是对申请事项的简单答复，未对申请人的权利义务产生实际影响，如仅告知申请流程、所需材料等，则该回复不属于具体行政行为，申请人不能就此提起行政诉讼。
   • 未侵犯合法权益：即使申请回复属于具体行政行为，但若该行为并未侵犯申请人的合法权益，如行政机关依法作出的合理决定，申请人亦不能提起行政诉讼。因为行政诉讼的目的是保护公民、法人或其他组织的合法权益，若合法权益未受侵犯，则无诉讼之必要。
   • 实例说明：例如，申请人向某行政机关申请某项政策优惠，行政机关经审查后认为申请人不符合条件，作出不予优惠的回复。若该回复依据充分、程序合法，且申请人确实不符合优惠条件，则申请人不能就该回复提起行政诉讼。

法律建议：

• 在决定是否提起行政诉讼前，申请人应仔细分析申请回复的性质及其对自身权益的影响。若回复属于具体行政行为且侵犯了合法权益，申请人应及时收集证据，准备提起行政诉讼。
• 若对申请回复的性质或是否可提起行政诉讼存在疑问，申请人可咨询专业律师或法律机构，以获取更准确的法律意见。

可能法律后果：

• 若申请人错误地提起行政诉讼，可能会浪费司法资源，并可能面临诉讼费用、时间成本等损失。
• 若申请人未及时提起行政诉讼而错过了诉讼时效，则可能丧失通过法律途径维护自身权益的机会。

因此，在决定是否提起行政诉讼时，申请人应谨慎考虑，并咨询专业律师以获取准确的法律意见。如有任何法律问题，可直接向我咨询。