结论：市政府一般不能直接指令下属单位进行赔偿，但可通过特定方式间接影响或要求下属单位承担赔偿责任，具体情况需结合法律关系和事实来判定。以下为详细分析：

1. 政府与下属单位的法律关系
   市政府与其下属单位（如事业单位、国有企业）通常为行政隶属关系或出资人关系，而非直接的民事赔偿关系主体。下属单位作为独立法人（如具备独立财产和责任能力的事业单位、企业），需自行承担民事责任，市政府无权直接指令其赔偿。但若下属单位无独立法人资格（如内设机构），则可能由市政府承担连带责任。

2. 行政指令的合法性边界
   市政府可通过行政命令要求下属单位履行职责（如整改、补救），但不得直接以行政权力干预民事赔偿。例如，若下属单位因违法行为导致他人损害，市政府可督促其依法赔偿，但无权强制划拨财政资金或以行政文件替代民事赔偿程序。若市政府越权干预，可能构成行政违法。

3. 特殊情形下的责任承担

   • 国家赔偿情形：若下属单位（如行政机关）在执行职务时违法，导致公民权益受损，受害人可依据《国家赔偿法》要求该单位作为赔偿义务机关承担责任。此时，市政府可能通过内部追责机制要求下属单位赔偿，但本质是行政系统内部的监督，而非直接“指令”。
     
   • 合同或侵权责任：若下属单位与第三方存在民事合同关系或侵权纠纷，赔偿义务由下属单位独立承担，市政府无权干预。但若市政府曾作出具体行政行为（如许可、审批）导致损害，可能成为共同被告，此时赔偿主体为市政府本身。

4. 实务建议

   • 若涉及下属单位民事赔偿，应优先通过民事诉讼程序解决，明确责任主体；
     
   • 若认为市政府存在行政不作为或违法干预，可依法申请行政复议或提起行政诉讼；
     
   • 具体案件需结合下属单位性质（如是否为独立法人）、损害原因（如职务行为还是个人行为）等综合判断责任主体。

总结：市政府无权直接“指令”下属单位赔偿，但可通过行政监督、内部追责等方式间接影响赔偿结果。若您遇到具体案件，可进一步提供细节，我将结合法律条文和实务经验为您分析。