不可以，一个案件通常不能出两个保函分开保被告。在刑事案件中，取保候审是司法机关对未被逮捕或逮捕后需要变更强制措施的犯罪嫌疑人、被告人，为防止其逃避侦查、起诉和审判，责令其提出保证人或者交纳保证金，并出具保证书，保证随传随到，对其不予羁押或暂时解除其羁押的一种强制措施。而保函，通常指的是取保候审的保证书或保证金交纳凭证。
对于一个具体的案件而言，取保候审的决定是由司法机关根据案件情况、犯罪嫌疑人的社会危险性以及保证人的条件等因素综合考量后作出的。如果允许一个案件出两个保函分开保被告，那么可能会引发一系列法律问题和程序混乱，比如：
保证责任的明确问题：两个保函可能会引发保证责任的混淆和不清，导致在犯罪嫌疑人违反取保候审规定时，难以确定哪个保证人应承担保证责任。
司法资源的浪费：分开保被告意味着司法机关需要分别审查两个保函的真实性和有效性，这无疑会增加司法资源的消耗，降低司法效率。
法律程序的混乱：一个案件出两个保函分开保被告可能会打破正常的法律程序，使得案件的审理和管理变得复杂和难以控制。
因此，在司法实践中，通常不允许一个案件出两个保函分开保被告。如果犯罪嫌疑人或被告人需要取保候审，应该按照法律规定的程序和要求，由符合条件的保证人出具一份保函，或者交纳规定的保证金，以确保取保候审措施的有效实施。
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