交房晚了两年违约金的计算方式，主要依据购房合同中关于交房时间及逾期交房违约金的具体约定条款。以下是详细的解答：

一、合同有明确约定的情况

如果购房合同中明确规定了违约金的具体计算标准，比如按照已付购房款的一定比例（如每日万分之三）计算，那么违约金的计算方式就相对简单。您只需按照该比例乘以已付购房款总额，再乘以逾期交房的天数（通常为两年，即730天），即可得出违约金数额。

示例：

• 已付购房款：100万元
• 违约金比例：每日万分之三
• 逾期天数：730天
• 违约金计算：1000000 × 0.03% × 730 = 219000元

二、合同未明确约定的情况

如果购房合同中没有明确约定违约金的计算方式，那么根据相关法律规定，购房者有权要求出卖人按照逾期交付使用房屋期间有关主管部门公布或者有资格的房地产评估机构评定的同地段同类房屋租金标准来支付违约金。

在这种情况下，违约金的计算会相对复杂一些，因为需要确定同地段同类房屋在交房延迟期间的租金标准，然后再乘以房屋面积及延迟时间等因素来得出违约金数额。这通常需要购房者提供相关的租金证据或申请房地产评估机构进行评估。

三、注意事项

1. 准确界定逾期交房的起始日期和截止日期：这是确保违约金计算准确性的关键。起始日期通常是合同约定的交房日期，而截止日期则是实际交房日期或开发商承认的逾期交房日期。
2. 保留相关证据：购房者应保留购房合同、付款凭证、交房通知书等相关证据，以便在主张违约金时提供有力支持。
3. 通过合法途径主张权益：如果开发商拒绝支付违约金或双方对违约金数额存在争议，购房者可以通过法律途径解决纠纷，如向当地房地产主管部门投诉、申请仲裁或提起诉讼等。

综上所述，交房晚了两年违约金的计算方式主要依据购房合同的约定。如果合同有明确约定，则按照约定计算；如果合同未明确约定，则根据相关法律规定进行计算。购房者应准确界定逾期交房的起始日期和截止日期，并保留相关证据以维护自己的合法权益。