当公司股东侵犯知识产权时，这是一个涉及法律权益的严肃问题，需要采取一系列合理且合法的措施来处理。以下是一个详细的处理流程和建议：

一、收集并固定侵权证据

首先，被侵权方（可能是公司本身或其他股东）需要及时收集并固定所有与侵权行为相关的证据。这些证据可能包括但不限于：

• 侵权产品的实物或照片
• 侵权行为的交易记录、合同或发票
• 侵权行为的宣传资料、广告或网络截图
• 任何能证明侵权行为存在的证人证言或专家鉴定意见

二、与侵权股东进行协商沟通

在掌握了初步的确凿证据后，被侵权方可以尝试与侵权股东进行协商沟通。沟通的目的是要求侵权股东：

• 立即停止侵权行为
• 赔偿因侵权行为给公司或其他股东造成的损失
• 公开道歉或采取其他补救措施以消除不良影响

三、发出警告函

如果协商沟通没有取得预期的效果，被侵权方可以向侵权股东发出警告函。警告函应明确指出侵权事实、阐述侵权行为可能带来的法律后果，并依法向侵权股东提出明确的停止侵权要求。

四、申请行政调解或处理

被侵权方还可以向专利管理机关或其他相关行政管理部门申请调解或处理。这些部门有权对侵权行为进行调查，并可以责令侵权股东停止侵权行为，甚至对其进行相应的行政处罚。

五、提起民事诉讼

如果以上措施均未能解决问题，被侵权方有权向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，需要明确侵权行为的性质、范围及造成的损失等，并依据《中华人民共和国专利法》等相关法律法规，要求法院对案件进行审理并作出裁决。法院可能责令侵权股东承担相应的法律责任，包括但不限于：

• 停止侵权行为
• 赔偿损失（包括直接损失和间接损失）
• 消除影响（如公开道歉、撤销侵权宣传等）
• 在某些情况下，还可能面临罚款或其他刑事处罚

六、注意诉讼时效

在处理此类侵权纠纷时，还需要注意诉讼时效的问题。根据国家法律法规的规定，侵权损害赔偿案件的诉讼时效通常为三年，从当事人明确得知自己的合法权益受到侵害开始之日正式起算。

七、寻求专业法律帮助

由于知识产权侵权案件往往涉及复杂的法律问题和专业技术知识，因此建议被侵权方在处理过程中寻求专业律师或法律团队的帮助。他们可以提供更具体、更专业的法律建议和指导，帮助被侵权方更好地维护自己的合法权益。

综上所述，当公司股东侵犯知识产权时，被侵权方应采取一系列合理且合法的措施来处理，包括收集证据、协商沟通、发出警告函、申请行政调解或处理、提起民事诉讼以及注意诉讼时效等。同时，寻求专业法律帮助也是非常重要的。