工程款审计不合格，相关责任主体确实可能被追究责任。这一结论基于多个法律层面和责任主体的考量，以下从不同角度为您详细分析：
一、审计单位与人员的责任
内部追责：
- 审计人员：若因故意行为或重大过失导致审计结果不合格，审计单位将依据内部规定对审计人员进行纪律处分，如警告、记过、降职等。例如，审计人员未遵循审计程序，导致重要问题遗漏，将受到相应处罚。
- 项目负责人：作为审计项目的直接管理者，若因指导失误或监督不力导致审计不合格，项目负责人将承担领导责任，可能面临批评、扣减绩效奖金等处罚。
外部追责：
- 民事责任：审计错误导致建设单位、施工单位等合同相对方经济损失时，审计单位需在其过错范围内承担赔偿责任。例如，因审计结果错误导致建设单位多支付工程款，审计单位应赔偿相应损失。
- 行政责任：审计单位若违反相关法律法规和行业规范，可能受到政府主管部门的行政处罚，如警告、罚款、暂停执业、吊销执业资格证书等。审计人员存在过错的，也可能面临警告、罚款、暂停执业、吊销注册会计师证书等行政处罚。
- 刑事责任：若审计过程中的错误涉及贪污、受贿、渎职等严重违法犯罪行为，相关责任人将被追究刑事责任。例如，审计人员故意提供虚假审计报告并造成严重后果，可能触犯《刑法》中的提供虚假证明文件罪。
二、建设单位与相关管理人员的责任
内部追责：
- 若建设单位内部人员提供错误资料或信息影响审计结果，建设单位将根据内部规定进行追责，包括但不限于警告、罚款、调离岗位等。
外部责任：
- 建设单位作为工程项目的发起人和管理者，若因审计不合格导致项目出现问题，如工程质量不达标、工期延误等，建设单位可能需承担相应的民事责任，如赔偿损失、承担违约责任等。同时，若建设单位在审计过程中存在违法行为，如串通审计人员弄虚作假，还可能面临行政处罚或刑事责任。
三、实际案例与法律后果
- 实际案例：某审计公司因未对工程项目中的虚假发票进行核查，导致审计结果不合格，被监管部门处以停业整顿并罚款50万元。这一案例充分说明了审计单位因审计不合格可能面临的行政责任。
- 法律后果：审计不合格不仅可能导致经济赔偿和法律责任，还可能对公共安全、社会稳定和行业生态造成深远影响。例如，未发现的质量缺陷可能引发安全事故，导致人员伤亡和财产损失；审计失职还可能滋生腐败行为，损害行业公信力。
四、应对措施与建议
- 强化制度建设：明确审计流程标准，建立双人复核、交叉检查机制，确保关键环节无遗漏。
- 提升专业能力：定期培训审计人员掌握最新法规和技术手段，提高审计质量和准确性。
- 引入第三方监督：对重大项目实行“审计+监察”双轨制，增强审计的独立性和公正性。
- 完善问责机制：建立审计质量终身负责制，明确失职行为的追责范围和处罚标准。
总结：工程款审计不合格确实可能追究相关责任主体的责任，包括审计单位与人员、建设单位与相关管理人员等。为确保审计结果的准确性和公正性，各相关方应严格遵守法律法规和行业规范，保持高度的专业性和谨慎性。若您在工程款审计方面遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。