一般情况下，公司不能拒绝律师持调查令来公司进行调查。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
调查令的法律效力
调查令是法院为了查明案件事实，依法签发给律师等诉讼参与人，用于向有关单位或个人收集、调取证据的法律文书。它具有一定的法律效力，被调查的单位或个人有义务配合律师持调查令进行调查。
公司拒绝调查的后果
法律责任：如果公司无正当理由拒绝律师持调查令进行调查，可能会面临法律责任。根据相关法律规定，妨碍民事诉讼的单位，人民法院可以对其主要负责人或者直接责任人员予以罚款；对仍不履行协助义务的，可以予以拘留；并可以向监察机关或者有关机关提出予以纪律处分的司法建议。
影响案件审理：公司拒绝调查可能导致法院无法获取关键证据，进而影响案件的公正审理。如果因此导致判决结果对公司不利，公司可能需要承担相应的法律后果。
公司可以拒绝的情况
虽然一般情况下公司不能拒绝律师持调查令进行调查，但也存在一些特殊情况，公司可以拒绝或提出异议：
调查令超出范围：如果律师持调查令要求调查的内容超出了法院授权的范围，或者与案件无关，公司可以拒绝提供相关信息。
涉及商业秘密或个人隐私：如果调查令要求调查的内容涉及公司的商业秘密或个人隐私，且没有得到相关权利人的同意，公司可以拒绝提供，但需要及时向法院说明情况，并由法院决定是否需要采取其他措施。
调查令存在瑕疵：如果调查令本身存在瑕疵，如签发程序不合法、内容不明确等，公司可以提出异议，并要求法院重新签发或补充完善。
应对建议
核实调查令的真实性：在接到律师持调查令来公司调查时，公司应首先核实调查令的真实性，包括签发法院、律师姓名、调查内容等信息是否准确无误。
配合调查但保护合法权益：在确认调查令真实有效的情况下，公司应配合律师进行调查，但同时也要注意保护自身的合法权益，如涉及商业秘密或个人隐私的信息，可以要求律师保密或采取其他保护措施。
及时咨询专业律师：如果公司对调查令或律师的调查行为存在疑问或异议，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律意见和帮助。
如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。