在呼吸机使用超过96小时，但Glasgow评分为6分的情况下，保险公司通常不会承担赔付责任。以下是对此结论的详细分析：

一. 呼吸机使用时间与赔付条件

1. 在重大疾病保险中，对于深度昏迷的赔付条件通常包括昏迷程度达到一定的标准（如Glasgow评分5分或以下）以及持续使用呼吸机及其他生命维持系统达到一定时间（如96小时以上）。
2. 题目中提到的呼吸机使用时间超过了96小时，满足了时间条件。

二. Glasgow评分与赔付条件

1. 然而，题目中提到的Glasgow评分为6分，这并不符合保险条款中通常规定的5分或以下的赔付标准。
2. Glasgow评分是评估昏迷程度的重要指标，分数越低表示昏迷程度越深。因此，6分的评分表明昏迷程度并未达到保险条款所规定的深度昏迷标准。

三. 保险公司的赔付决策

1. 根据保险条款的规定，只有当昏迷程度达到特定标准（如Glasgow评分5分或以下）且持续使用呼吸机超过一定时间（如96小时以上）时，保险公司才会承担赔付责任。
2. 在本题中，虽然呼吸机使用时间满足了条件，但Glasgow评分未达到赔付标准，因此保险公司通常不会进行赔付。

综上所述，在呼吸机使用超过96小时，但Glasgow评分为6分的情况下，由于昏迷程度未达到保险条款规定的赔付标准，保险公司通常不会承担赔付责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。