针对您提出的“非法运营被追尾怎么赔偿”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，非法营运与事故责任认定、赔偿是两个独立的问题。也就是说，即使您的车辆存在非法营运的情况，这并不会影响事故责任的认定以及后续的赔偿流程。
一、事故责任认定
在发生追尾事故后，交警部门会进行勘查取证，并根据现场情况出具责任认定书，确定双方的责任比例。这是赔偿流程的第一步，也是最为关键的一步。
二、赔偿流程
对方全责的情况：
- 如果对方被认定为全责，那么对方需要赔偿您因事故造成的直接财产损失，包括但不限于车辆维修费用、合理的停运损失（需要提供相关证据，如维修时间、停运期间的收入损失等）。
- 如果事故中有人身伤亡，对方还需要赔偿医疗费、误工费等。如果构成伤残，还有残疾赔偿金等。
双方都有责任的情况：
- 如果双方都有责任，那么赔偿将按照责任比例进行分担。例如，如果对方被认定为主责，承担70%的责任，而您被认定为次责，承担30%的责任，那么赔偿金额将按照这个比例进行分配。
三、非法营运的处罚
虽然非法营运不会影响事故责任的认定和赔偿，但非法营运本身是违法的，会受到交管部门的单独处罚。这可能包括罚款、扣留车辆等措施。
四、建议与注意事项
及时收集证据：
- 在事故发生后，务必及时收集相关证据，如现场照片、视频、证人证言等，以便在后续的责任认定和赔偿流程中维护自己的权益。
必要时打官司索赔：
- 如果与对方在赔偿问题上无法达成一致，可以考虑通过法律途径解决，即打官司索赔。在诉讼过程中，法院将根据事实和法律规定进行判决。
注意保险理赔问题：
- 非法营运可能会影响保险公司的理赔范围与额度。因此，在购买保险时，务必仔细阅读保险条款，了解保险公司的理赔政策。
合法营运的重要性：
- 最后，需要强调的是，合法营运是保障自身权益和避免法律风险的重要途径。因此，建议您尽快办理相关营运手续，确保车辆的合法营运。
综上所述，非法运营被追尾后的赔偿流程主要取决于事故责任的认定和双方的协商或法律判决。同时，非法营运本身会受到交管部门的处罚，因此建议您尽快合法化营运行为。