当您在申请执行过程中发现被执行人已经注销时，这确实会给执行工作带来一定的挑战。不过，根据现行法律和相关实践，您仍然有途径可以追回生效判决所确定的被执行人应履行的义务。以下是一些具体的处理建议：
一、追加股东为被执行人
直接申请追加：
- 您可以向执行法院提交书面追加股东为被执行人的申请书及相关证据材料。
- 法院会以“执异”案号受理审查，并通过书面审查或听证程序依法作出裁判。
- 这一程序不需要缴纳诉讼费，且法院通常按照形式审查原则处理。
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第二十一条，如果作为被执行人的公司未经清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，申请执行人可以申请变更、追加有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东为被执行人，对公司债务承担连带清偿责任。
二、提起诉讼要求股东或清算组成员承担责任
未经清算办理注销：
- 如果公司未经清算即办理注销，您可以以公司股东、实际控制人为被告，要求他们对公司债务承担清偿责任。
- 您可以在裁定送达15日内向法院依法提起执行追加的异议之诉，或者直接以公司未经清算即办理注销登记为由提起诉讼。
未依法清算办理注销：
- 如果公司进行了清算程序，但清算程序存在瑕疵（如清算组未及时向债权人通知、公告清算注销事宜），导致您未及时申报债权而未获清偿，您可以另案提起诉讼。
- 将作出违规注销公司行为的清算组成员列为被告，要求他们承担赔偿责任。
三、向法院申请对被执行人的强制执行审查
- 您可以向法院申请对被执行人的强制执行，并要求法院审查被执行人的企业性质、注销是否依法经过清算、是否有权利义务承受人等相关事实。
- 法院应在对这些事实审查清楚的基础上，裁判被执行人是否明确，而不应简单以被执行人已经注销即认定被执行人不明确。
四、申请变更申请执行主体（如适用）
- 如果申请执行主体（如企业法人）在注销前还有未执行完的债权，其股东或者清算义务人能够承受这部分权利。
- 他们可以向法院提出申请，要求变更申请执行主体。法院会通过裁定的方式，将该承受人变更为申请执行人。
五、注意事项
- 在处理此类案件时，建议您收集并保留好所有相关证据，如判决书、执行裁定书、企业注销证明、清算报告等。
- 考虑到法律程序的复杂性和专业性，建议您咨询或聘请专业律师来协助您处理此类案件。
综上所述，虽然被执行人注销会给执行工作带来一定的困难，但您仍然可以通过追加股东为被执行人、提起诉讼要求股东或清算组成员承担责任、向法院申请对被执行人的强制执行审查以及申请变更申请执行主体等途径来追回生效判决所确定的被执行人应履行的义务。