当申请执行人注销（这里主要指的是申请执行人死亡或被解散、撤销等导致主体资格消灭的情况）时，执行款的处理方式主要取决于是否存在合法的权利承受人以及执行款的具体状态。以下是对这一问题的详细解答：
一、存在合法权利承受人的情况
继承人或遗产管理人：
- 如果申请执行人是自然人，其死亡后，根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》，其遗产管理人、继承人或受遗赠人可以申请变更、追加为申请执行人，继续向法院申请强制执行。
- 在这种情况下，执行款将支付给变更后的申请执行人，即继承人或遗产管理人。
法人或其他组织解散、撤销后的权利承受人：
- 如果申请执行人是法人或其他组织，在其解散或撤销后，其权利义务通常由清算组或相关主管部门承受。
- 清算组或相关主管部门可以申请变更、追加为申请执行人，并接收执行款。
二、执行款的具体状态
已扣划至执行法院账户但未发放：
- 如果执行款已经扣划至执行法院账户，但尚未完成向申请执行人的转账、汇款或现金交付，且申请执行人注销，那么该款项的财产权利归属可能尚未发生变动。
- 在这种情况下，如果存在合法的权利承受人，执行法院应将该款项支付给权利承受人。
- 如果被执行人进入破产程序，且该款项属于被执行人的财产，那么执行法院可能需要根据破产法的相关规定，将该款项移交给受理破产案件的法院或管理人，纳入破产程序统一分配。但这一处理需考虑申请执行人是否有过错、案款是否已具备发还条件等因素。
已发放给申请执行人或其代理人：
- 如果执行款已经发放给申请执行人或其代理人，且申请执行人随后注销，那么该款项已经属于申请执行人或其代理人的财产，不再受执行程序的影响。
三、实际操作建议
及时申请变更申请执行人：
- 如果申请执行人注销，且存在合法的权利承受人，权利承受人应及时向执行法院申请变更申请执行人，以确保执行款的顺利支付。
与执行法院沟通：
- 权利承受人应与执行法院保持密切沟通，了解执行款的具体状态和处理方式，以便及时采取措施保护自己的合法权益。
咨询专业律师：
- 在处理此类复杂问题时，建议咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。
综上所述，当申请执行人注销时，执行款的处理方式主要取决于是否存在合法的权利承受人以及执行款的具体状态。权利承受人应及时向执行法院申请变更申请执行人，并与执行法院保持密切沟通，以确保执行款的顺利支付。