申请执行人在收到法院执行款后，其处理流程是严谨且有序的，以下将为您详细阐述这一流程：
一、执行款接收与核算
首先，当被执行人将执行款交到法院，或者法院通过强制执行措施获得执行款后，法院的财务部门会进行初步的核对工作。这一步骤主要是确认款项的来源、金额是否与执行案件相关且相符，通常通过银行转账记录等凭证进行核实，并确保款项准确无误地进入法院指定的执行款专户。
二、通知申请执行人
财务部门在确认执行款到账后，会立即通知负责该案件的执行机构。执行机构在收到通知后，会及时以电话、书面通知或公告等方式通知申请执行人前来办理领款手续。通知内容会详细涵盖执行款到账情况、可领取金额、所需材料、办理时间和地点等关键信息。
三、执行款分配与审批
确定分配方案：执行人员会根据案件的具体情况，如是否存在多个债权人、债权的性质等，来确定执行款的分配方案。若存在多个债权人，需严格按照法律规定的清偿顺序进行分配，如优先支付执行费用，然后依次清偿享有优先受偿权的债权和普通债权等。
审批流程：分配方案确定后，执行人员会填写执行款分配审批表，详细说明案件情况、执行款金额、分配依据和明细等信息。这份审批表会逐级报送给执行机构负责人、法院分管领导进行审批，以确保分配方案的合法性和合理性。
四、执行款发放准备
申请执行人需要按照通知要求提交一系列材料，包括身份证明、授权委托书（如有委托代理人）、债权证明等。执行人员会对这些材料进行严格审核，确保债权人的身份合法、债权真实有效，以及委托手续符合法律规定。
五、执行款发放
财务部门办理支付：经审核无误后，执行人员会制作执行款发放审批表，并连同申请材料一起送交财务部门。财务部门会再次核对金额、收款账户等信息，并按照财务流程办理支付手续。通常，执行款会通过银行转账方式支付至债权人指定的账户。
发放凭证与存档：支付完成后，财务部门会向债权人出具执行款发放凭证，并将相关材料整理归档。这些材料将作为案件执行的重要档案资料，被妥善保存以备后续查阅。
六、结案处理
在执行款发放完毕后，法院会根据案件的具体情况进行结案处理。这包括制作执行终结裁定书、归档相关材料等步骤，以确保案件得到圆满解决。
七、特殊情况处理
执行款提存：如果债权人下落不明或无正当理由拒绝受领执行款，法院可以依法将执行款提存。在这种情况下，视为法院已经履行了交付义务，风险和责任将转移给债权人。
争议解决：在执行款分配过程中，如果债权人之间或债权人与被执行人之间存在争议，可以通过提出执行异议、执行异议之诉等法律途径来解决。法院将按照法定程序进行审查处理，以确保争议的公正解决。
综上所述，申请执行人在收到法院执行款后，需要经历一系列严谨且有序的处理流程。在实际操作中，如果您有任何疑问或需要进一步的指导，建议咨询当地法院或专业律师以获取最准确的信息和帮助。