关于“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚”这一规定，我们可以从以下几个方面进行深入理解：
一、规定的基本含义
根据《行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，行政机关将不再给予行政处罚。这一规定设立了行政处罚的时效限制，旨在平衡行政执法的效率与公正，确保违法行为在合理的时间内得到处理，同时避免对已过时效的违法行为进行无谓的追究。
二、时效的计算起点
一般情况：时效的规定期限从违法行为发生之日起计算。这里的“违法行为发生之日”指的是违法行为完成或者停止之日。例如，如果某人运输违禁品，运输过程用了五天，那么追诉期限应从最后一天将违禁品转交他人之日起开始计算。
连续或继续状态：对于违法行为有连续或者继续状态的，时效的规定期限从行为终了之日起计算。这里的“连续”状态指的是违法行为人基于同一个违法故意，连续实施了数个独立的行政违法行为，且这些违法行为触犯的是同一个行政处罚法规定。例如，某人连续多次出售损害人体健康的豆猪肉，这一出售行为就是处于“连续”状态的，追诉时效应从其最后一次出售豆猪肉的时间计算。
三、特殊情况的延长
涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，上述二年期限将延长至五年。这是考虑到这些违法行为的严重性和潜在危害，需要更长的时效来确保行政执法的有效性。
四、法律另有规定的除外
在行政处罚时效问题上，“法律另有规定的除外”。这意味着，如果其他法律对行政处罚的时效有特别规定，那么应优先适用这些特别规定。例如，《中华人民共和国治安管理处罚法》就规定，违反治安管理行为在六个月内公安机关没有发现的，不再处罚。
五、实际应用的注意事项
发现的标准：行政机关对相关线索的《立案审批表》是具有法律意义的“发现”。在此之前，行政机关只是对线索进行核查，只有完成线索核查，发现当事人存在违法行为，且应当给予行政处罚时，才能进行行政立案。
已发现但未处罚的情况：如果违反行政管理秩序的行为在行为发生的两年内已被行政机关发现，但违法行为人在两年内未被查获或者逃避处罚，在两年后行政机关将其查获，仍应当依法给予行政处罚。
超过时效的处理：如果在调查中发现违法行为人的违法行为已超过了追诉时效，行政机关应采取相应的措施，如终止调查、撤销案件或者作出不予行政处罚的决定。
六、规定的现实意义
这一规定有很积极的现实意义。一方面，它确保了对于未过追诉时效的违反行政管理秩序的行为必须依法追究其行政责任，给予行政处罚，体现了执法的严肃性。另一方面，它也避免了对于已过追诉时效期限的违法行为进行无谓的追究，体现了行政处罚的教育与处罚相结合原则。
综上所述，“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚”这一规定是行政处罚法中关于时效的重要条款，它平衡了行政执法的效率与公正，确保了违法行为在合理的时间内得到处理。