针对民事诉讼案件程序违法缺席判决，且判决书已生效两年的情况，被告人可以采取以下措施：
一、申请再审以纠正程序违法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审。
- 特别地，如果缺席判决存在程序违法情形，如未经传票传唤而缺席判决，这构成了再审的法定事由。
申请再审的条件：
- 被告人需提供充分证据证明原判决存在程序违法或其他法定再审事由，如新证据足以推翻原判决、原判决认定事实的主要证据是伪造的等。
- 申请再审应在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出，但存在特定情形（如发现新的证据等）的，可不受此期限限制。不过，就本案而言，由于判决书已生效两年，被告人需特别注意是否仍符合再审申请的期限要求，或是否存在其他可延长申请期限的特殊情形。
申请再审的流程：
- 被告人应向上一级人民法院提交再审申请书，并附上相关证据材料。
- 法院将审查再审申请，如果符合再审条件，将裁定再审，并重新组成合议庭进行审理。
二、针对执行阶段的应对措施（如判决已进入执行程序）
提出执行异议：
- 如果判决已进入执行程序，且被告人认为执行行为违反法律规定，如执行标的错误、执行程序违法等，可以向执行法院提出书面异议。
- 执行法院将审查异议，如果异议成立，将裁定中止执行或采取其他补救措施。
申请不予执行：
- 在特定情况下，如仲裁裁决存在法定不予执行情形（虽本案为诉讼判决，但原理相似，即若存在类似严重违法情形可类比参考），被告人可以向法院申请不予执行。不过，对于诉讼判决，此途径通常不直接适用，但可作为理解执行救济途径的参考。在诉讼判决执行中，更侧重于通过再审或执行异议来维护权益。
- 需要注意的是，这一途径在诉讼判决执行中并不直接对应，但被告人可以通过再审或执行异议来寻求救济。
与原告协商和解：
- 在执行过程中，被告人可以与原告协商达成和解协议，以减轻或免除自己的履行义务。
- 和解协议需经法院确认，并制作和解笔录或和解协议书，具有法律效力。
三、针对程序违法的投诉与举报
向法院内部监督部门投诉：
- 被告人可以向作出原判决的法院的内部监督部门（如监察室、审判管理办公室等）投诉程序违法问题。
- 法院将调查核实，并根据调查结果采取相应措施，如纠正错误、对责任人员进行处理等。
向检察机关申请检察建议或抗诉：
- 如果认为法院的判决存在严重程序违法，且可能损害国家利益或社会公共利益，被告人可以向检察机关申请检察建议或抗诉。
- 检察机关将审查申请，如果认为符合条件，将向法院提出检察建议或抗诉，促使法院重新审理案件。
建议与提醒：
- 被告人应尽快收集证据，证明原判决存在程序违法或其他法定再审事由。
- 被告人应咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
- 被告人应注意申请再审的期限要求，避免因超过期限而丧失申请再审的权利。
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