政府投资项目在符合法律法规及内部管理规定的前提下，可以签协议将资金打给对方分公司，但需谨慎操作并确保合规性。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律合规性角度
合同相对性原则：
- 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同关系只能发生在特定的合同当事人之间。在政府投资项目中，若与对方公司签订协议，原则上资金应支付给合同相对方，即对方公司本身。
- 然而，若协议中明确约定了资金可以支付给对方公司的分公司，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种支付方式在法律上是可行的。
分公司法律地位：
- 分公司是总公司的一个分支机构，不具有独立的法人资格，但其可以在总公司的授权范围内从事经营活动。
- 若分公司获得了总公司的明确授权，且该授权在协议中得到了体现，那么政府投资项目将资金支付给分公司可以视为对总公司的履行，不违反法律原则。
二、内部管理规定角度
政府投资项目管理规定：
- 政府投资项目通常受到严格的内部管理规定约束，包括资金的使用、支付等环节。
- 在决定将资金支付给对方分公司前，应仔细审查内部管理规定，确保该支付方式符合规定要求。
风险防控措施：
- 将资金支付给分公司可能存在一定的风险，如分公司管理不善导致资金流失等。
- 因此，在签订协议前，应要求对方公司提供分公司的相关资质证明、财务状况等资料，并进行充分的风险评估。
- 同时，可以在协议中约定相应的风险防控措施，如资金监管、违约责任等。
三、实际操作建议
明确协议条款：
- 在签订协议时，应明确约定资金支付的对象、方式、时间等条款，确保双方对支付方式有清晰的认识。
- 若选择将资金支付给分公司，应在协议中明确分公司的名称、授权范围等信息。
获得内部批准：
- 在决定将资金支付给分公司前，应获得政府投资项目相关管理部门的批准或备案。
- 这有助于确保支付方式的合规性，并减少后续可能出现的纠纷。
后续监管与跟进：
- 在资金支付后，应加强对分公司的监管和跟进，确保资金按照协议约定使用。
- 若发现分公司存在违规行为或资金流失等情况，应及时采取措施进行纠正或追偿。