关于机构贷款居间费是否合法的问题，这主要取决于多个因素的综合考量，包括法律法规、合同条款以及服务内容的合理性等。

首先，从法律法规的角度来看，我国现行法律并未明确规定金融居间服务费的具体收费标准。这意味着，在法律层面，并没有一个固定的费率来界定居间费是否合法。然而，这并不意味着居间费可以随意收取，不受任何约束。

在实际操作中，居间费的合法性主要依赖于合同条款的约定以及服务内容的合理性。如果贷款中介机构与借款人签订了正式的委托贷款协议，并在协议中明确写明了居间费的金额或比例，且该费用在合理范围内，那么这样的居间费通常是合法的。这里的“合理范围”并没有一个固定的标准，但一般应考虑到中介机构实际提供的服务内容、产生的服务成本、借款人是否获得贷款及具体金额等因素。

以您提供的参考信息为例，如果居间服务费约占贷款金额的21%，而贷款年利率仅为3.9%，这样的服务费比例可能被视为超出正常融资的合理范畴。在这种情况下，借款人可能会提出异议，甚至通过法律途径来维护自己的权益。

此外，借款人在签订借款居间合同时，应当认真阅读合同内容，特别是涉及居间服务费、支付方式等条款，更应谨慎处理。如果对合同条款有疑问或不明确的地方，应及时向中介机构咨询并要求解释清楚。

对于贷款中介机构而言，应当坚持诚信合法经营，根据服务内容确定合理的服务费收费标准，并确保收费合法、透明。同时，中介机构还应对合同内容的格式条款，特别是涉及双方当事人权利义务等内容向借款人进行提示说明，充分保障借款人的知情权和选择权。

综上所述，机构贷款居间费是否合法并没有一个简单的答案。它取决于法律法规、合同条款以及服务内容的合理性等多个因素。因此，在签订借款居间合同时，借款人和中介机构都应谨慎对待，确保合同的合法性和合理性。