公司扣款是否合法，需根据具体情况判断。在符合法律法规和规章制度的前提下，某些扣除是合法的；而无正当理由或超出法定范围的扣除则是非法的。以下是对合法与非法扣款情形的详细分析：
合法扣款情形
代扣代缴法定款项：
- 公司可以依法代扣代缴员工的个人所得税、社会保险费用（如养老保险、医疗保险等）、住房公积金以及其他法律、法规规定的应由员工个人负担的费用。这是公司的法定义务，扣款行为合法。
依据合法有效的规章制度：
- 如果公司通过民主程序制定了合法有效的规章制度，并且这些制度已向员工公示，那么公司在员工违反规章制度时，有权按照制度规定扣除相应工资。例如，员工旷工或迟到早退达到制度规定的次数，公司可按规定扣除相应工资。但需注意，扣款金额应当合理，不能过高，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
员工给公司造成经济损失：
- 若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可以要求员工赔偿，并可从其工资中扣除赔偿费用。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。这是为了保障员工的基本生活需求。
员工绩效不达标：
- 如绩效考核制度公平、公正，并明确规定了绩效不达标的扣减措施，公司可合法扣减绩效工资。但需确保绩效考核制度的合理性和公正性，避免滥用权力。
非法扣款情形
无明确规章制度依据：
- 如果公司没有制定合法有效的规章制度，或者规章制度未明确规定扣工资的情形，那么公司随意扣除员工工资是不合法的。员工有权对此提出异议，并要求公司纠正。
超出法定扣除范围：
- 公司不能因员工对工作安排提出合理异议、个人生活习惯等非法定或合同约定的理由而擅自扣减工资。这种扣除行为侵犯了员工的合法权益，员工可以依法维权。
未经员工同意的扣除：
- 除非法律另有规定或劳动合同有明确约定，否则公司未经员工本人同意，不得擅自扣除其工资用于非法定或合同约定的事项。这是为了保护员工的财产权不受侵犯。
扣除后工资低于最低工资标准：
- 即使存在可扣款的情形，如果扣除后的工资低于当地最低工资标准，公司也应按照最低工资标准支付员工工资。这是为了保障员工的基本生活需求，防止公司滥用扣款权力。
法律后果与维权途径
法律后果：如果公司违法扣款，根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，劳动行政部门可以责令公司支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。公司应承担相应的法律责任，以维护员工的合法权益。
维权途径：员工在遭遇公司违法扣款时，应先与公司进行协商；协商不成的情况下，可以向当地劳动监察大队进行投诉；在投诉无果的情况下，还可以申请劳动仲裁进行裁决。员工应充分利用法律武器维护自己的合法权益，防止公司滥用扣款权力。
建议：公司在制定和执行扣款制度时，应确保遵循相关法律法规，保障员工的合法权益。员工也应了解自己的权利和义务，在遇到问题时及时寻求法律援助。如果您有任何关于公司扣款合法性的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。