合同欠款还上后，若已进入仲裁程序，您应当采取以下措施来妥善处理：
及时与仲裁机构沟通：
- 一旦您确认欠款已经还清，应立即与负责您案件的仲裁机构取得联系。
- 向仲裁机构说明您已经履行了还款义务，并提供相应的还款凭证，如转账记录、银行收据等，以证明欠款确实已还清。
要求对方出具书面还款确认函：
- 在与对方（即债权人）沟通时，应明确要求其出具书面的还款确认函。
- 这份确认函应详细载明欠款金额、还款时间、还款方式以及双方确认欠款已全部还清的声明。
- 书面确认函是避免后续可能出现的纠纷的重要证据。
请求撤销或终止仲裁程序：
- 在向仲裁机构提供还款凭证并获得对方书面确认后，您应正式请求仲裁机构撤销或终止与您案件相关的仲裁程序。
- 仲裁机构会根据您提供的证据和对方的确认，决定是否撤销或终止仲裁。
保留好所有相关材料：
- 在整个过程中，您应妥善保管所有与还款和仲裁相关的材料，包括还款凭证、书面确认函、与仲裁机构的沟通记录等。
- 这些材料在后续可能出现的任何纠纷中都将起到至关重要的作用。
从法律后果的角度来看：
- 如果您未能及时与仲裁机构和对方沟通，或者未能提供充分的还款凭证，仲裁机构可能会继续推进仲裁程序，并作出对您不利的裁决。
- 相反，如果您能够积极应对，及时提供证据并请求撤销或终止仲裁程序，那么您将能够避免不必要的法律纠纷和经济损失。
额外建议：
- 在未来的商业活动中，建议您在签订合同时就明确约定还款方式、还款时间以及违约责任等条款，以减少因合同条款不明确而引发的纠纷。
- 同时，定期对账和确认欠款情况也是预防纠纷的有效手段。
如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更为详细和专业的法律建议。