非融资担保公司通常不能出具农民工工资支付保函。以下是对此问题的详细分析：
一、农民工工资支付保函的开具主体
根据中国银保监会办公厅发布的《关于做好农民工工资支付保函相关工作的通知》（银保监办发[2020]32号），农民工工资支付保函是指银行业金融机构在其业务范围内，应施工总承包单位等企业的申请开立，按照《保障农民工工资支付条例》要求可用以替代工资保证金的保函。这一规定明确指出了农民工工资支付保函的开具主体应为银行业金融机构。
二、非融资担保公司的性质与限制
非融资担保公司，顾名思义，其主营业务并不涉及融资活动，而是提供其他类型的担保服务。然而，在农民工工资支付保函这一特定领域，由于涉及到金融业务的合规性和风险控制，非融资担保公司并不具备开具此类保函的资格。这主要是因为：
合规性要求：农民工工资支付保函的开具需要严格遵守相关金融监管规定，确保保函的真实性和有效性。银行业金融机构作为受监管的金融机构，具备更完善的合规体系和风险控制机制。
风险控制：农民工工资支付保函涉及大量资金和众多农民工的切身利益，一旦出现问题，可能引发社会不稳定因素。因此，对开具保函的机构的风险控制能力有较高要求。非融资担保公司可能缺乏相应的风险评估和管控能力。
三、实际操作中的建议
在实际操作中，如果施工总承包单位等企业需要开具农民工工资支付保函，应选择具有资质的银行业金融机构进行申请。同时，企业也应了解当地建设主管部门对于保函的格式、内容、有效期等方面的具体要求，并按照规定提交相应的申请材料，以确保保函的有效性和合规性。
四、法律后果与风险提示
如果非融资担保公司擅自出具农民工工资支付保函，可能面临以下法律后果和风险提示：
保函无效：由于非融资担保公司不具备开具此类保函的资格，其出具的保函可能被视为无效，无法起到替代工资保证金的作用。
法律责任：如果因保函无效导致农民工工资无法按时支付，非融资担保公司可能面临法律责任，包括但不限于赔偿损失、承担行政责任等。
信誉受损：擅自出具保函还可能损害非融资担保公司的信誉和形象，影响其未来的业务发展和市场竞争力。
如有任何关于农民工工资支付保函或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。