当打官司时被告人缺席，法院会根据案件性质和具体情况依法处理，以确保诉讼程序的公正和当事人的合法权益。具体来说，可以分为以下几种情况：
一、刑事诉讼中的被告人缺席
普通程序：
- 在刑事诉讼的普通程序中，如果被告人经依法传唤无正当理由拒不到庭，法院一般不会直接进行缺席审判。这是因为刑事诉讼涉及对被告人的人身自由甚至生命权的剥夺，必须确保被告人的诉讼权利得到充分保障。
- 如果被告人因逃避审判而长期潜逃在外，导致案件无法及时审结，法院可能会采取其他措施，如中止审理或公告送达等，待被告人到案后再恢复审理。
特殊程序：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对于贪污贿赂犯罪、严重危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件，在符合一定条件下（如犯罪嫌疑人、被告人在境外，监察机关、公安机关移送起诉且人民检察院认为犯罪事实已经查清、证据确实充分等），可以适用缺席审判程序。
- 缺席审判程序由犯罪地、被告人离境前居住地或者最高人民法院指定的中级人民法院组成合议庭进行审理。在审理过程中，法院会依法保障被告人的诉讼权利，如通过国际条约规定的司法协助方式或者受送达人所在地法律允许的其他方式送达文书、听取辩护人意见等。
- 若经审理认定被告人有罪，法院将作出有罪判决；若证据不足或不能认定被告人有罪的，则作出无罪判决。
自诉案件：
- 在自诉案件中，如果被告人下落不明，法院通常会说服自诉人撤回起诉，或者裁定驳回起诉。这是因为自诉案件通常涉及较轻的犯罪行为，且自诉人需要承担举证责任。在被告人缺席的情况下，自诉人往往难以完成举证任务，因此法院不会轻易进行缺席审判。
二、民事诉讼中的被告缺席
一般情况：
- 在民事诉讼中，如果被告经传票传唤无正当理由拒不到庭，或者未经法庭许可中途退庭，法院可以缺席判决。这意味着即使被告没有出庭参加诉讼，法院也可以根据原告提供的证据和事实情况作出判决。
判决依据：
- 法院在缺席判决时会根据原告提供的证据和诉讼请求进行审查。如果原告提供的证据足以证明其主张的事实成立，且符合法律规定，法院将支持原告的诉讼请求并作出相应判决。
后续处理：
- 如果被告对缺席判决不服，可以在规定的时间内提起上诉。上诉期间内，一审判决不生效。二审法院将对案件进行全面审查，并根据审查结果作出维持原判、改判或发回重审的裁定。
三、被告人缺席的法律后果与建议
- 法律后果：被告人缺席可能导致其放弃答辩、举证、质证等诉讼权利，从而影响法院对案件事实的认定和判决结果。在民事诉讼中，这可能导致法院更倾向于支持原告的主张；在刑事诉讼中，则可能影响对被告人的定罪量刑。
- 建议：对于被告人而言，应尽可能按时出庭参加诉讼，以充分行使自己的诉讼权利。如果因特殊原因无法出庭，应及时向法院说明情况并申请延期审理或采取其他合法措施。对于原告而言，在被告缺席的情况下，仍应提供充分、确凿的证据来支持自己的主张，以确保诉讼的胜利。
总之，被告人缺席并非意味着诉讼程序结束，法院会依具体情况依法处理。如果您在打官司过程中遇到被告人缺席的情况，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。