被告主体不适格时，一般应判决驳回诉讼请求，而非裁定驳回起诉。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律程序与实体审理的区别
裁定驳回起诉：这通常发生在案件受理阶段，法院认为原告的起诉不符合起诉条件或立案条件，如被告不明确、不属于法院管辖范围等。裁定驳回起诉属于程序性问题认定，不涉及案件实体内容的审查。
判决驳回诉讼请求：这发生在案件经过实体审理后，法院认为原告的诉讼请求无事实或法律根据，从而以判决的形式驳回其诉讼请求。判决驳回诉讼请求属于实体问题的认定。
二、被告主体不适格的处理方式
形式审查与实质审查：
- 在起诉阶段，法院主要进行形式审查，即审查被告是否明确、具体，能否与他人相区分。此时，法院不深入审查被告是否适格。
- 进入实体审理阶段后，法院会进行实质审查，包括审查被告与原告之间是否存在法律关系、法律事实及相关证据。如果经审理查明被告不适格，即被告与原告之间不存在法律关系，法院应判决驳回原告的诉讼请求。
法律依据：
- 根据《民事诉讼法》的相关规定，起诉必须有明确的被告。这里的“明确的被告”主要指的是被告在形式上明确、具体，能跟其他人相区分。对于被告是否适格，需要法院经过实体审理后才能做出判断。
- 《最高人民法院民事诉讼法司法解释理解与适用》中也明确指出，在立案阶段，无论原告与被告是否实质上具有某种法律关系，即被告是否是适格的被告，均不影响人民法院受理该案。至于人民法院在立案后，经过实体审理，认定原告所起诉的被告不适格，则应判决驳回原告的诉讼请求。
三、实践中的处理观点
最高人民法院的处理观点：
- 通过分析最高人民法院的裁判文书，可以发现最高人民法院对于“被告主体不适格”的问题，倾向于在实体审理后以判决的方式裁判。即只要被告是明确的，法院就应当进入实体审理阶段，并通过判决的方式进行裁判。
地方法院的处理实践：
- 在实践中，一些地方法院可能对于“被告主体不适格”的问题存在不同的处理方式。但根据最高人民法院的指导性意见和司法解释，地方法院也应逐渐统一到在实体审理后以判决的方式裁判的处理方式上来。
四、法律建议
对于原告：
- 在起诉前，应充分审查被告的主体资格，确保被告是适格的。如果对被告的主体资格存在疑问，可以咨询专业律师进行确认。
- 如果在诉讼过程中发现被告不适格，应及时调整诉讼策略，如变更被告或撤回起诉等。
对于被告：
- 如果认为自己是被告主体不适格的，可以在答辩阶段提出抗辩，并提供相关证据证明自己与原告之间不存在法律关系。
- 如果法院最终判决驳回原告的诉讼请求，被告可以要求法院出具书面判决，以作为后续法律程序的依据。
总结来看，被告主体不适格时，一般应判决驳回诉讼请求，而非裁定驳回起诉。这既符合法律程序的要求，也体现了法院对实体问题的深入审查。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。