针对您提出的“医疗机构使用禁止未取得药品批准证明文件药品如何处罚”的问题，以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，特别是第一百四十二条之一，对于未取得药品相关批准证明文件生产、进口药品或者明知是上述药品而销售的行为，如果足以严重危害人体健康，那么将构成妨害药品管理罪。这一规定旨在保护公众的用药安全，防止因使用未经批准的药品而导致的健康风险。
在具体处罚上，如果医疗机构或其工作人员违反了上述规定，使用了未取得药品批准证明文件的药品，并且这种行为足以严重危害人体健康，那么将可能面临以下处罚：
刑事处罚：根据《刑法》第一百四十二条之一，对于构成妨害药品管理罪的行为，将处以三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。如果对人体健康造成严重危害或者有其他严重情节的，处罚将更为严厉，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
行政处罚：除了刑事处罚外，医疗机构还可能面临药品监督管理部门的行政处罚，如罚款、吊销药品经营许可证等。这些行政处罚旨在进一步规范医疗机构的药品使用行为，保障公众的用药安全。
民事责任：如果因使用未取得药品批准证明文件的药品而导致患者受到损害，医疗机构还可能需要承担民事赔偿责任，包括赔偿患者的医疗费用、误工费、精神损害抚慰金等。
以您提到的案例为例，如果医疗机构或其工作人员像案例中的何某一样，明知是未取得药品相关批准证明文件生产的药品而使用，并且这种药品足以严重危害人体健康（如含有不可长期使用的成分，长期使用会对肝肾功能及血液系统造成损害），那么其行为将构成妨害药品管理罪，并可能面临上述的刑事处罚、行政处罚以及民事责任。
因此，作为医疗机构，必须严格遵守药品管理法规，确保所使用的药品均取得相关批准证明文件，以保障患者的用药安全。同时，广大消费者也应提高安全防范意识，在选购药品时仔细查看药品的生产批号、生产厂家等重要信息，若发现销售无核准药品的，应及时向有关部门举报。