关于“迟到按照制度扣钱是否违法”的问题，这主要取决于用人单位规章制度的合法性与合理性。以下是我从不同角度为你进行的分析：
规章制度需合法制定并公示
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如劳动报酬、工作时间等）时，必须经过民主程序，即与职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 这些规章制度还必须向劳动者进行公示或告知。如果用人单位的规章制度未经上述民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么基于这样的规章制度扣减员工工资将是违法的。
扣工资数额需合理
- 即便用人单位有了合法的规章制度，扣减工资的行为也必须在合理的范围内进行。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者个人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可以要求其赔偿，但扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 对于仅仅是迟到而未给单位造成实际经济损失的情况，如果扣除了较大比例的工资（如当天甚至几天的工资），这显然是不合理的，也属于违法行为。
合法合规的规章制度下扣工资是合法的
- 如果用人单位的规章制度是经过合法程序制定，内容合法且不违反公序良俗，并已向劳动者进行了公示或告知，同时关于迟到扣工资的规定也是合理的（如规定迟到一次扣除适当金额，且不会对劳动者的基本生活造成严重影响），那么在这种情况下，用人单位根据规章制度对迟到员工扣减工资就是合法的。
劳动者面对这种情况的处理方式
- 面对用人单位的这种做法，劳动者既可以选择以单位未及时足额支付劳动报酬为由通知单位解除劳动合同要求单位支付经济补偿和补足工资差额，也可以选择以单位的规章制度违反法律规定损害劳动者合法权益为由通知单位解除劳动合同要求单位支付经济补偿并补足工资差额。法律依据都是《劳动合同法》第38条第1款。
综上所述，迟到扣工资是否违法，并不能一概而论，而是需要综合考虑用人单位的规章制度是否合法、合规，以及扣减工资的行为是否合理。因此，建议劳动者在入职前务必仔细了解用人单位的规章制度，特别是关于劳动报酬和考勤管理的部分。在遇到扣工资问题时，也可以直接向我咨询，以维护自己的合法权益。同时，用人单位也应确保自己的规章制度符合法律法规的要求，避免因此引发不必要的劳动纠纷。