在填写劳动能力鉴定申请表时，若已经进行了工伤认定，那么在申请表的相关选项中，应当勾选“已工伤认定”这一项。以下是对此问题的详细解答：

1. 工伤认定与劳动能力鉴定的关系：

   • 工伤认定是确定职工是否因工作原因受到伤害，并享受工伤保险待遇的前提。
   • 劳动能力鉴定则是在工伤认定之后，对职工因工伤导致的劳动功能障碍程度和生活自理障碍程度进行的等级评定，是确定工伤保险待遇具体标准的重要依据。

2. 劳动能力鉴定申请表的填写：

   • 在填写劳动能力鉴定申请表时，需要如实填写个人基本信息、工伤认定情况、受伤部位及程度等相关内容。
   • 对于“是否已工伤认定”这一选项，若已经进行了工伤认定，则应当勾选“是”，并填写工伤认定的相关时间和编号等信息。

3. 不勾选“已工伤认定”的可能后果：

   • 如果在申请表中未勾选“已工伤认定”，可能会导致劳动能力鉴定机构无法准确了解申请人的工伤情况，从而影响鉴定结果的准确性和公正性。
   • 此外，如果未提供工伤认定的相关证明材料，还可能导致劳动能力鉴定申请被退回或不予受理。

4. 法律建议：

   • 在填写劳动能力鉴定申请表时，务必认真阅读申请表上的各项说明和要求，确保填写内容的真实性和准确性。
   • 如果对申请表的填写有任何疑问或不确定的地方，建议及时咨询专业的劳动法律师或相关部门的工作人员，以获取准确的指导和帮助。

综上所述，若已经进行了工伤认定，在填写劳动能力鉴定申请表时应当勾选“已工伤认定”这一项，并提供相关的工伤认定证明材料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。